大能见独力难支，过了几天后，也只好开始组织撤军。
因为要掩护心向大明的回鹘、葛逻各部先行撤退，一直到二月底，大能才率领大军到达姑墨城，也就是后世的阿克苏。
沙哈鲁见明军持续撤退，以为明军弹尽粮绝，带领三万大军千里追击，结果又被大能在姑墨河畔歼灭近两万，只好又带领残部逃回疏勒。
大能心里又燃起了重新西征的希望。
这时，曹楚材突然来到姑墨，传达了辽王的命令，郭骥率步兵第一团和一个炮兵连，再就地招募两千骑兵，负责屯守姑墨和龟兹两城，所有弹药均留给郭骥；其余人马由朱大能带到吐鲁番与主力会合。
面对这突如其来的变化，朱大能连忙问曹楚材“我们已经自行筹集了不少粮草，还可以再坚持两个月，为何要撤军”
曹楚材答道“辽王也准备进军伊犁河谷，突然连续收到朝廷班师回朝的诏令。”
大能又问“难道是朝廷上也出了秦桧这等奸臣要是那龙椅上的老朱也学赵构。辽王可不是岳飞，我可不会学牛皋，张石也不会学张宪。大不了咱们也来个清君侧”
曹楚材哭笑不得，只得继续解释“太子出了意外，辽王要奉旨回京，行前特意让我给你带了个锦囊，你看后便知。”
朱大能连忙接过来打开一看，原来只是一张纸条，上面只有八个字“千年大计，速归辽东。”
自去年九月份郭英率领京军骑兵精锐增援西域后，老朱又陆续收到靖江王重伤、耿璇等秦府护卫骑兵全军覆没的噩耗。辽王也送来自请革去亲王头衔的奏报。
老朱病情再度恶化，军国大事全交由太子处置，把太子给累了个够呛。
到了十二月份，就在朱大能率领大军远征疏勒的时候，老朱经过两个月的调养，又加上辽王从天山发回一系列捷报的刺激，身体渐渐好了许多，开始过问起军国大事来。
这不过问还好，一过问可把老朱吓了一跳。
定远侯王弼竟然违抗圣旨，没有救援辽王，反而带了楚王的武昌左右两护卫去了四川，配合凉国公蓝玉平定月鲁帖木儿叛乱去了。
老朱本来就对蓝玉花了大半年时间也没能平定月鲁帖木儿心生怀疑，这下更加怀疑这背后有什么阴谋。
原来为了尽快平定月鲁帖木儿，老朱不仅同意太子的意见，将蓝玉放了出来，允许其戴罪立功，还将本已开拔到甘肃的三卫京军划归蓝玉指挥。
可是这个蓝玉老是推三阻四，借口兵力不足，逡巡不进。
太子只好又作主征调了蜀王的成都中护卫给蓝玉指挥。
结果这个蓝玉不进反退，让月鲁帖木儿这伙乌合之众快打到了岷州，把刚之国的岷王吓得要死。
太子又作主把岷王刚成立不久的岷州中护卫以及王弼带领的武昌左右两护卫人马悉数交给蓝玉指挥，最终总算消灭了月鲁帖木儿的主力。
老朱说了，军国大事俱由太子决断，太子征调蜀王、岷王护卫增援蓝玉，他可以不管。可是让王弼带兵救援小十五毕竟是皇帝的圣旨在前，太子的谕令在后他还不管吗
老朱心里寻思，太子没谱，难道你王弼心里也没谱吗
他一怒之下，将随蓝玉班师回朝、准备领赏的王弼给下了诏狱，交由锦衣卫审讯。
王弼为了保命，交代说“这次带兵南下主要是受大将军蓝玉怂恿；蓝玉告诉我，皇帝已时日无多，要早作打算，帮助大将军就是帮助太子”
老朱本来就对蓝玉近年来不听