为了配合南居益工作，防止东海水师的组建工作受到影响，郑芝龙第一战就是北上剿灭浙江沿海的海盗。
此时，在南海水师旗舰上，郑芝龙侧后坐着南海水师指挥使司监军处的人，郑家一行人对他们是怎么看就怎么不顺眼。
特别是郑芝虎“大哥，皇帝派这些人来不就是监视我们吗我们在海上所得还要跟皇帝五五分，这还不如不投朝廷呢”
郑芝龙瞪着他，说“我们现在是不是都可以回南安，家人都不用在海上冒着危险风雨漂泊了我们兄弟是不是都当了官，名正言顺，衣锦还乡了还记不记得当年父亲把你我兄弟二人赶出家门了那天我们回去的时候那些父老乡亲是怎么打着锣鼓、放着鞭炮欢迎我们的”
“如果现在你还是海盗，回一趟老家是不是得偷偷摸摸拿着钱财回家还要被父亲嫌弃如果不是圣上，不是朝廷，你能有今天这样的风光吗那朝廷给我们这些荣誉地位了，派人看着我们正常吧要点好处不过分吧现在不是还能名正言顺拿那些不法商人的一半吗你嫌弃什么”
郑芝虎被训了一顿，摸摸头“好像也是这个理，那我听大哥的”
郑芝龙道“我们现在都是将领了，要指挥调度手下的兄弟战斗，不许轻易亲自上阵了，知道吗这可是在京师时圣上特意让我告诫你的。”
郑芝虎惊奇地瞪大一双虎目“这是皇帝特意说的皇帝怎么还会特意关心我来着”
“那就不知道了，反正是和圣上闲聊时，他亲口说的。”
郑芝虎点点头，沉默着思索起来。
郑芝龙的队伍原本就是东南海域最强的一支船队，拥有大大小小数百条船，组建为南海水师，也是大明实力最强的一支水师。
进入浙江水域后，海盗纷纷来投，在本地人的带路下，少数还搞不清状况、负隅顽抗的海盗很快被郑芝龙消灭或兼并，其余一些不愿投官府的海盗只好离开大明海域到别处谋生去了。仅仅十余天，浙江和南直隶沿海就一片清朗。
航行路上，发现远处出现一支船队，马上追上去截停下来。
郑芝虎带着船队的人来到旗舰上面见郑芝龙。
郑芝龙看着这些人问道“你们可有朝廷颁给的出海凭证”
有两位船家马上摸出一个本本交给郑芝龙，郑芝龙看完，问道“你们是要去往何处”
船家道“去往日本。”
郑芝龙对手下道“甘辉，你带一个小队护送他们两人的船去日本。”又回头对船家道“你们有朝廷颁发的凭证，是合法商人，我自会尽力保你们平安，但是出了钓鱼岛、赤尾屿之后那就不是大明海域了，我的人也就不能再保护你们了，可明白”
“我等明白，多谢指挥使大人”
“属下领命”
郑芝龙看向其他船家“你们没有出海凭证，就是非法出海，根据大明律例，没收全部货物，全部人员关入大牢。”
其中一名船家怒道“郑芝龙你是郑芝龙我可是交了三千两给你郑家，说好保我的船出海，我那船上还挂着你郑家的旗帜，现在你还要打劫我，你郑家背信弃义”
郑芝龙看向那条海船，果然还挂着他家的郑字旗，顿时尴尬了，于是和手下一番商议。
郑芝龙对那船家说道“我郑芝龙不是背信弃义之人，只是以前我郑家在海上行走，那是江湖规矩，现在我们已经是朝廷命官，自然要遵守朝廷律例。”
“这样，以前我收了你三千两，