熊文灿自去年六月巡抚福建后就着手全力整治福建水师，并不断接触郑芝龙尝试招安，促进福建沿海的和平稳定。
十一月时，熊明遇顶替熊文灿巡抚福建，熊文灿迁为福建总兵、提督水师。此时，郑芝龙已经接受了朝廷的招安，跟随熊文灿乘船北上去往京师面圣。
十二月，熊文灿和郑芝龙到达京师秘密面见了朱由校，朱由校在御书房面授机宜，畅聊一日后，俩人又秘密离京，返回福建。
郑芝龙返回金门老巢，召集部下商议，到会的全都是自己的家人和最为信任的下属，分别为郑芝虎、郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤、施大瑄、洪旭和甘辉。
郑芝龙拿出皇帝圣旨和海防游击的印信，告知众人“圣上已册封我为从三品南安伯，任命我为南海水师指挥使。你们七个是我最亲近、最信任的兄弟和家人，如果愿意，我也会为你们向圣上请封职位。”
顿了顿，继续道“我不想为难你们，如果你们不想效忠大明朝廷，大可现在就带着船只和部下离开，我决不拦着，但以后再见面你我就再也不是家人兄弟了。”
说完就喝起了茶，不再言语。
郑芝虎愣了一会儿，不理会还在震惊之中的众人，道“我十四岁就随大哥漂泊在外，无论大哥做什么，我都听大哥的”
言罢，郑芝虎就站到郑芝龙身边，郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤三人也随之。
施大瑄笑道“我一直以来跟随大哥走南闯北，自然是大哥去哪我去哪，现在还能在朝廷混个一官半职，何乐而不为呢”
施大瑄说完后，洪旭和甘辉也是同样的态度。
“哈哈哈好不愧是我郑芝龙的兄弟以后我们兄弟八人同生死，共进退”
郑芝凤提出问道“那其余十八芝的兄弟怎么办呢”
郑芝龙叹了口气道“你们也清楚，十八芝名义上以我为主，但平时他们各干各的，我也管不了他们。后面我会通告他们的，愿意效忠朝廷的我也会为他们求得一官半职。但我怕他们有什么别的心思，所以我们几人先做好准备，以防万一。”
天启九年二月一日，皇帝正式颁布圣旨
册封郑芝龙为从三品南安伯，设立“南海水师指挥使司”，任命郑芝龙为南海水师指挥使，郑芝虎为南海水师指挥同知，郑芝凤为南海水师指挥佥事，郑芝豹、郑芝莞、施大瑄、洪旭、甘辉为游击；
开放福建沿海多个海港，设立福建海关，征收海商赋税，允许百姓凭证出海通商；
并命郑芝龙“剪除夷寇、剿平诸盗”，整顿海商，招抚或剿灭海盗。
随即，郑芝龙给十八芝其余人分别去信告知投效朝廷一事。不久之后，十八芝就分裂开来，主要是以郑芝龙为首的“一官派”和以刘香为首的“刘香派”。
特别是在台湾岛上屯垦的各部。杨天生和陈衷纪都是愿意追随郑芝龙，同在岛上的何斌和郭怀一既不愿意投效朝廷，也不愿意跟着刘香，就选择投靠到荷兰人那边求得安身。
前首领李旦之子李国助不愿看到兄弟相残，凭着父亲的余威和声望，也聚集了一批愿意追随他的人，便带着人驾船离去，到琉球、日本一带寻生计去了。
刘香极为痛恨官府，拒绝投降朝廷，带着杨六、杨七、钟斌、李魁奇直接与郑芝龙决裂。
南居仁、南居益、南居业于天启九年正月全部上任后。南居业在南京工部调集资源，南居仁统筹浙江地区的人力物力，开始集中力量于舟山岛建设水寨、港口、造船厂，南居益负责组建“东海