，自己则率领文武百官退守南汉山城等待各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判，拖延时间。朝鲜请和书中写道“朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣皇帝小邦获戾大国，自速兵祸，栖身孤城，危迫朝夕如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图自新，则小邦之洗心从事，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期而已”云云。皇太极见朝鲜君臣求和之切，毫无斗志，乃对其迫降，下令清军包围南汉山城，伐木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只有坐困孤城。仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不禁长叹。清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则复书“重围未解，帝怒方盛”，所以不能出城请降，“古人有城上拜天子者，盖以礼有不可废，而兵威亦可怕也”。见朝鲜方面还在纠缠于出城投降的细节，不耐烦的皇太极下令用火炮攻城，同时清军又攻占了江华岛，俘虏王妃、王子、宗室76人，消息传来，见大势已去，仁祖只好求和。

    1637年正月三十日，仁祖率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，伏地请罪。皇太极降旨赦之。双方筑坛盟誓，朝鲜去明年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝正朔，定时贡献，并送质子二人。此外，朝鲜朝廷中主战最坚决的洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军索要，在沈阳就义，号称“三学士”。此役为朝鲜历史上著名的“丙子虏乱”。清朝班师途中顺势攻陷皮岛，拔除了明朝在辽东沿海的最后一颗钉子。

    丙子虏乱之后，朝鲜成为清朝的附属国。世子李溰长居沈阳，另外一质子则由凤林大君和麟坪大君轮流担任。同时朝鲜还要岁贡黄金百两、白银千两、白苎布200匹、各色绵细2000匹、各色细麻布400匹、各色细布万匹、米万包等等。

    具有高度发达的儒家文明、以“小中华”自居的朝鲜沦为落后的山林狩猎民族建立起来清朝的藩属国，在当时的朝鲜是令君臣黎民都痛心疾首的事情，丙子虏乱对朝鲜社会、文化的冲击非常大。国王和两班的权威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鲜的负担。经济掠夺、政治欺压、文化差异，使得终朝鲜之世，思明反清的情绪一直都是社会思潮的主流。

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