学者徐东日认为，丁卯战争使得朝鲜蒙受巨大屈辱和苦难。在此之前，朝鲜人一直自视为文明之邦，将女真人视为蛮夷；丁卯战争以后，朝鲜人对女真人的态度由蔑视转为敌视。
虽然朝鲜向后金朝贡，后金也给予朝鲜赏赐品，但两国的关系依然紧张。执掌朝鲜朝政的依然是反后金亲明的西人党。在儒家思想的影响下，不少朝鲜大臣认为明朝助朝鲜击退日军，朝鲜理当与明朝交好抗击后金。因此朝鲜拒绝废除明朝年号，并依旧保持与明朝的关系。这为后来1636年后金清的再次入侵丙子胡乱埋下了伏笔。
对于明朝方面来说，“丁卯之役”使得拥有数万骄兵悍将的镶蓝旗精锐丧尽，即使休整两年也未恢复元气，其余参战后金军也多有损失。是为明军与后金交战以来，所取得的最重大胜利，而这又是在明军极为艰苦的环境下所取得的，更加可贵。对此，登莱巡抚李嵩评价说“奴以十万之众东江，毛文龙乃能于狂烽正炽之际，奋敌忾迅扫之威毛帅之功于是乎不可及矣”
李嵩的继任者孙国祯收复澎湖列岛的民族英雄也认为“臣看得毛帅孤悬绝岛，远泊水乡，溟雾胡风，侵肌扑面，寒烟冷月，泣昼怜宵。七年正月以来，五战而五胜，谛观宣州、车辇、义州西门、龙山诸役，皆令人舌咋心惊，色飞神动。然义州西门之捷，独雄而奇，盖其俘获者皆名酋，今之系纽而献者，此也。宣州诸路之捷，又险而奇，盖毛帅亲中二矢，不为少动。自五、六年以来，大小几近百战，积俘至四百七十有零，抢获器械、马匹累百，近日续报者不与焉。”
“职惟知尽忠报国，绝不肯偷身自免”东江主帅毛文龙战时如是说，他亲冒矢石，身中数箭，犹死战不退在毛文龙的激励下，东江健儿人人奋勇，与后金军舍身搏斗，鲜血染尽三千里江山。在中国的意大利传教士卫匡国向欧洲人介绍说“此次战役之激烈为中国所未曾见。”，并说“抗拒鞑靼人最有力的要数英勇盖世的大将毛文龙。”
朝鲜史料则认为是朝鲜民间的义军打败了后金大军，毛文龙坐困穷岛，毫无作为。
朝清战争
后金哈赤为避免两面作战，对朝鲜采取拉拢的政策，多次派遣使臣赴朝鲜投书，希望朝鲜与明朝脱离关系，与后金结盟。但是朝鲜不为所动，仍然支持明朝，反对后金。后金面对明朝与朝鲜的夹击，决定向较弱的朝鲜开刀。清天聪元年1627年，皇太极与贝勒阿敏亲自领兵入侵朝鲜，史称丁卯胡乱，朝鲜军队不敌清兵，仁祖与群臣逃往江华岛，结果朝鲜与后金议和，约为兄弟之邦，朝鲜并向后金岁贡。
1636年丙子明崇祯九年，朝鲜仁祖十四年，后金崇德元年，皇太极正式由汗改称皇帝，改国号大清，族名满洲。他事先将此事通报朝鲜，希望朝鲜参与劝进。朝鲜闻讯大哗，积累近10年的憎恶、羞辱情绪一并迸发。朝鲜臣僚纷纷痛切陈词，“使彼虏得知我国之所秉守，不可以干纪乱常之事有所犯焉。则虽以国毙，可以有辞于天下后世也”。在一片慷慨激昂的气氛下，仁祖拒不接见后金使团，不接受其来书。后金使团愤然离开汉城，沿途百姓“观者塞路，顽童或掷瓦砾以辱之”。
仁祖在三田渡向皇太极跪拜
该年四月，皇太极在沈阳正式举行称帝大典，朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。皇太极非常气愤，认为这是朝鲜国王有意构怨，决定举兵再征朝鲜。该年十二月二日，皇太极亲自统帅十万大军亲征朝鲜。清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南，仅仅十二天便抵达王京城下。京畿之内“上下惶惶，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”。仁祖再次将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难