而叛国投缅的明伪陇川宣抚使岳风，及其子岳襄乌，被押送到大明帝都北直隶京畿顺天府紫禁城内处死，边境地区的土司们纷纷重新归顺到大明帝国门下。
7月13日负责籍没前任明内阁首辅张居正，府中财产的官兵们开始登记人口，封锁门户大批人员饿死或者被杀，正当处置年近80多岁明一品诏命夫人张老太，眼见目睹孙媳们一个个投环求死不得，复用匕首刺目，血流不止，左目遂瞎。
而先前长孙明礼部主事张敬修，被抓下狱自杀，次孙明翰林院编修张嗣修，被发配边疆充军待罪之身三孙明江陵县状元张懋修，投井自杀未成功又绝食自尽也失败，一同被发配边疆充军。
四孙明南镇抚司锦衣卫指挥同知张简修，是武壮士出生又娶了明陕西三边总督兼北直隶刑部尚书与南直隶兵部尚书王之诰，的女儿因此只是被贬为庶民。
唯有五孙明尚宝司司丞张允修，听闻风声之后逃到荆州府江陵县老家山林之中隐居起来，以及六孙张静修，年纪尚幼未授予官职，在亲朋好友帮助下逃到德安府应城县躲过一劫。
就在官兵们动手抓捕明一品诰命夫人张老太，上奏准备用刑之际明内阁首辅兼文渊阁大学士申时行、明都察院左副都御史兼刑部尚书潘季驯，有些于心有不忍，上疏明神宗，认为治张阁老之狱太急，至于奄奄待毙之老母，茕茕无倚之诸孤，行道之人皆为怜悯
但是明神宗朱翊钧，看后有些不悦，恰好明都察院江西道监察御史李植、明都察院河南道监察御史江东之，等人与明内阁首辅兼文渊阁大学士申时行、明吏部尚书杨巍，互相攻击弹劾对方，明刑部尚书潘季驯，则帮助内阁打压其余弹劾官员。
于是明都察院江西道监察御史就以党庇张居正，「朋党奸逆，诬上欺君」言辞刻薄，呈交给皇帝陛下观看，让明神宗大为喜悦，即刻就令明刑部尚书自辩，谁知明刑部尚书上疏认罪，却被削籍为民。
8月初5日广西都指挥使司平乐府平乐县境内的平乐守御千户所，发生因军饷分赏不均，而导致士兵们闹事，杀死打伤了四十余人，并逮捕明平乐县知县王佩摇，企图索要粮饷。
当地州府立刻命令官兵前往讨伐，参加兵变者几乎全部被杀尽，首要分子明平乐守御副千户徐凯，被俘不屈自缢身亡。
之后由明都察院右副都御史兼广西巡抚吴文华，奏报朝廷，明神宗朱翊钧，特此下令将明平乐府知府周祈，逮捕入京问罪。
9月13日，朝廷升孟密安抚使司为孟密宣抚使司，并任命明腾越州副总兵刘綎，为临安府、元江军民府左参将，移镇蛮莫安抚使司。
为了对付缅军的象阵，明临安府兼元江军民府左参将刘綎，还买了大象，临阵演习兵马冲锋，这些措施巩固了云南承宣布政使司的边防，也加强了抵御缅军入侵的力量。
10月22日明平乐府知府被押解至京，明神宗欲重治其罪，因阁臣搭救，才从宽处置革职为民。
12月11日建州左卫军民指挥使司女真部族人们认为，朝廷既以授封爱新觉罗努尔哈赤为建州左卫军民指挥使，而他却不领情还依然在练兵准备攻打明苏克素浒河部图伦城主佟佳布库录汉名尼堪外兰，导致他的四族叔爱新觉罗龙敦，又起杀意，甚至有些反对他掌管卫所事务。
他唆使了明建州左卫军民指挥使爱新觉罗努尔哈赤，的庶母弟堂弟爱新觉罗萨木占，合谋由兆佳城