而爱新觉罗萨木占则谋害了明建州左卫军民指挥使的得力助手，练兵主帅既；明建州左卫军民指挥使的妹夫，明建州左卫军民指挥同知噶哈善哈思虎，致使建州女真左卫兵马无人训练。
但明建州左卫军民指挥使并没有闲着，他一心想要统一女真各部，便决定先稳住族内势力，再图出征之际。
明万历十三年公元1585年正月19日，四川都指挥使司治下的叙州府叙南卫建武守御千户所士兵骄纵，不听节制，并要求预给当月钱粮。
明叙州府总兵沈思学，得知消息后下令革去闹事官兵，引得其余士兵们不服，连夜发生哗变起事，放火焚烧了总兵府官署，还打伤沈总兵，就连明四川巡抚兼都察院右佥都御史雒遵，都控制不了这个局面。
只得上奏给朝廷请求明神宗派兵镇压，并把明叙州府总兵革职查办。
正月21日明建州左卫军民指挥使爱新觉罗努尔哈赤，获悉海西女真哈达部是被内部人员引诱进来这个情况后，他决计先发制人，向兆佳城主李岱，发动攻击。
时值大雪纷飞，建州左卫军民指挥使司女真兵由瑚齐寨至兆佳城，需要翻越噶哈岭，此处山势陡峭，道路难行。
士兵们刚到达岭前，便有人畏怯意图后退，明建州左卫军民指挥使得知后，一方面晓喻兵将树立信心，另一方面则周密布置，他率先凿山为磴，命令士卒们用绳子连马，前拉后推鱼贯而上，很快就围困住了兆佳城。
而兆佳城主事先接到密报，已聚兵登城早有戒备，让明建州左卫军民指挥使见状不得不亲自身先士卒奋力强攻。
明建州左卫军民镇抚使钮祜禄额亦都，率先登上城墙率兵跟进，守城女真兵力不能支，出现全线溃败的情况，导致兆佳城主被俘。
同时在北直隶京畿顺天府紫禁城内，明神宗召明通政使司左通政海瑞，为南直隶都察院右佥都御史，命他即刻赴任。
当时明南直隶都察院右佥都御史海瑞，已经七十二岁了，他直言上疏称自己衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，并列举出明太祖吴王洪武高皇帝陛下刑法，剥人皮装上草制成皮囊，以及定律枉法多达八十贯判处绞刑的规定。
并且还说应当用这样的方法，来惩治贪污，其它谋划时政，言语极为切实，只有劝皇帝用暴虐刑法才能治国。
然而当时南北直隶都察院官员们评议，都认为这样做是错误的故此由明都察院经历使梅鹍祚，出面弹劾明南直隶都察院右佥都御史。
好在明神宗明察秋毫认为明南直隶都察院右佥都御史言论虽有过失，却清楚的意识到海大人的忠诚，为此只是免去明都察院经历使的俸禄，并改任海瑞为南直隶吏部右侍郎。
3月10日，朝廷下令明元江军民府知府那恕，去招抚明车里军民宣慰使刀糯猛，因嘉靖年间，车里军民宣慰使司就曾以大车里既；宣慰使司南部应缅甸军民宣慰使司，而以小车里既；普洱县一带应大明。
这次在明军对缅甸军民宣慰使司的自卫反击战中，取得了胜利的形势下，明车里军民宣慰使才复归大明，进献训象、金屏、象牙诸物，谢罪。
在这种情况下，明神宗不计前嫌恢复了他的车里军民宣慰使的官职。
4月初10日礼部重修「大明会典」，要刑部有关法律资料，明刑部尚书舒化，与明吏部尚书杨巍，遂选辑自明嘉靖三十四年公元1555年历次诏令以及〈宗藩条例〉、〈军政条例〉、〈捕盗条例〉、〈漕运议单〉中与法律相关的条款，以律令为正文，以事例为附注，共三百八十二条，汇编成书