东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉行动上制订了相当严密的制度。如每月初一东厂都要集中布置当月的侦缉工作，厂役在东厂内抽签决定所负责的地盘。
东厂厂役的工作种类都有特殊的名称。例如监视朝中各部官员会审大狱及锦衣卫拷讯罪犯者名为“听记”，在各处地方官府访缉者名为“坐记”，还有某位官员有何举措，或某城门捕得要犯，胥吏记录上报东厂者名为“打事件”。
明代大太监王振、刘瑾、冯保、魏忠贤都曾统领东厂。
东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”。一人掌理，委以缉访刺探的大权。起初东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理；但到了明末，东厂也有了自己的监狱。
东厂监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。
依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，不经司法审判，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。
东厂入内即摆设大幅岳飞画像，提醒东厂缇骑办案毋枉毋纵。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审。朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动。
东厂建立初期客观上有反的效果，极大的加强了皇权。但东厂更产生了极为恶劣的历史影响。
越过正常的官僚机构，进行特务活动，存在大量阴暗面，人为制造了大量的冤假错案。为宦官专权了条件，但在明朝，宦官只是皇帝权力的延伸。
由于东厂镇压的手段极其残酷，且有因向独裁者邀功或其私利而为之，所以容易制造大量的冤假错案，以致于东厂在明代社会上的口碑极差。
东厂、西厂和锦衣卫是明代在刑部、都察院、大理寺这三个司法机关以外设置的直接听命于皇帝，执掌“诏狱”的特务机构。
锦衣卫是皇帝的侍卫机构。前身为太祖朱元璋时所设御用拱卫司。明洪武二年1369年改设大内亲军都督府，十五年设锦衣卫，作为皇帝侍卫的军事机构。
西厂在明朝历史上只短期存在过，明宪宗成化年间成立了一个新的内廷机构西厂。其势力甚至超过了老前辈东厂。
不过西厂仅仅成立5个月就被撤销，只相隔一个月宪宗又恢复西厂。明武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开。刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂。西厂作为一个临时产品，就这样在历史上永远地消失了。
锦衣卫的首领称为指挥使或指挥同知、指挥佥事，一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任，属于外臣。而东厂的首领是宦官，即内臣。
在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达；皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。所以东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。
在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主要下跪叩头。
田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰和崔应元等人虽然没有料到两位东厂大太监，这么快就到了，意外之余，还是第一时间上前跪拜
“参见李公公，参见石公公。”田尔耕