明中叶后期锦衣卫与东西厂并列，活动加强，常合称为“厂卫”。
东厂权力在锦衣卫之上，只对皇帝负责，不经司法机关批准，可随意监督缉拿臣民，从而开明朝宦官干政之端。
朱棣在靖难之役中用武力非法推翻了建文帝政权，在南京自行登基，改元永乐，是为明成祖永乐皇帝。但当时社会上对永乐政权的合法性异议纷起。一方面建文帝未死的流言不时出现，另一方面朝廷中的很多大臣对新政权并不十分支持。而朱棣亦对朝廷大臣多不信任。
他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便，于是决定建立一个新的机构。在朱棣起兵的过程中，一些宦官和和尚出过很大力如著名的郑和、道衍，所以在他心目中，还是觉得宦官比较可靠，而且他们身处皇宫，联系起来也比较方便。于是朱棣一反太祖关于宦官不得干预政事的禁令，重用宦官。
永乐十八年1420年十二月，明成祖朱棣为了镇压政治上的反对力量，决定设立一个称为“东缉事厂”，简称“东厂”的新官署，命所宠信宦官担任首领。建立东厂还有监视锦衣卫的意图。东厂建立更深的背景是明代加强中央集权。
明朝后期，阶级矛盾、民族矛盾、统治集团内部矛盾日益激化，封建的皇权面临严重危机，明熹宗朱由校重用宦官魏忠贤，终于把中国历史上的宦官专权推到登峰造极的地步。
无赖出身的魏忠贤，万历时为宦官，侍奉皇孙朱由校，很得宠幸。朱由校即位是为熹宗，魏忠贤竟然升任司礼监秉笔太监他在宫内选会武艺的宦官组成一支万人武装队伍，作为羽翼；在外收罗齐楚浙党为主的官吏作义子走卒，人称“阉党”。文臣有崔呈秀等“五虎”，武将有田尔耕等“五彪”，还有“十孩儿”、“四十孙”等，“自内阁、六部至四方总督、巡抚，徧置死党”。
魏忠贤秉笔批红，掌握朝政，从首辅至百僚，都由他任意升迁削夺；他握有军权，可随意任免督、抚大臣；他也握有经济大权，派亲信太监总督京师和通州仓库，提督漕运河道，派税监四出搜括民财。“内外大权一归忠贤”。
魏忠贤出门的车仗，形同皇帝，所过之处，士大夫都跪在道旁高呼九千岁。阉党和无耻官吏还竞相在各地为他修建生祠，一祠耗银数万乃至数十万两，祠成后，地方官要春秋祭享，官、民入祠不拜者论死。魏忠贤专权时，厂卫特务更是空前嚣张。
熹宗天启三年1623年，魏忠贤便自任东厂提督；锦衣卫的都督则是他的干儿子田尔耕。厂卫勾结，大兴冤狱，残害异己官吏，勒索钱财，暴虐百姓。“民间偶语，或触忠贤，辄被擒僇，甚至剥皮、刲舌，所杀不可胜数，道路以目”。
一次，京城四个平民在密室夜饮，一人酒酣耳热，大骂魏忠贤，其余三人不敢出声。骂者话音未了，突有隶役数人冲入，捉四人面见魏忠贤，魏下令将骂人者当场剥皮，另三人赏钱放回。生还者吓得魂飞魄散，险成疯疾。魏忠贤肆虐专政七年，使明末各种社会矛盾更加激化，加速了明王朝的崩溃。
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，简称“提督东厂”。东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员，由锦衣卫千户、百户来担任，称贴刑官。
除此以外，设掌班、领班、司房四十多人，由锦衣卫拨给，分为子丑寅卯十二颗，颗管事戴圆帽，着皂靴，穿褐衫。其余的人靴帽相同，但穿直身。
具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，又叫“档头”，共有一百多人，也分子丑寅卯十二颗，