江户川柯南，7岁，真实年龄17岁，本名工藤新一，因偷窥某黑衣组织交易而被灌下毒药，变小为7岁。职业小学生，副业侦探。如今的柯南小朋友正在怀疑人生。
他做了一个很可怕的梦，某一天突如其来的地震，超过50米的海啸，兰的死亡，世界的崩毁然后又在某一天戛然而止，再回过神，却回到了噩梦的初始，然而一切都没有发生。自那已过半年，一切都向着正常发展，正当他要把心放回去的时候专心和黑衣组织对抗的时候，远在太平洋彼岸的父亲工藤优作却打来了电话。
“新一，昨天fbi接待了里世界的魔术师协会会长，这个魔术师不是指电视上那些变戏法的，而是真正的agician。”
“喂，老爹你什么时候也开始神棍了”
“仔细听这是很重要的事情新一，魔法，妖怪，神明，这些都是真实存在的，这也是世界各国高层一直以来保守着的秘密。这次他们中的代表找上fbi，不，应该说是找上我，是因为你。新一，有些事情我不太明白，但可以推测出一些。里世界的代表让我转告你世界的世界已经重置，少年，你的使命开始了。”
听到这里，柯南瞳孔猛缩，手中的水杯无意识的落地，引得一旁的灰原哀投来好奇的目光，柯南的手用力的握着手机，不发一言。工藤优作继续道“近期会有人去找你，一切小心为上。”
“啊。”柯南挂断电话，眼眸中的光芒明灭不定。是了，他早该想到的，那么真实的绝望与无助又怎么可能会是梦境一切都是他自欺欺人罢了。他揉了揉发涨的太阳穴，这么说，世界曾经毁灭过一次，里世界中有人改写了这一未来并清空了所有人的记忆，而他不过是其中的漏网之鱼罢了，说不定要来找他的人就是为了清除他的记忆而来。他并不认为“使命”之类的东西和他有关，如果超自然力量真的存在，自己这种存在在那种力量面前未免太过渺小无力。
灰原哀看着失魂落魄的柯南，想要问些什么却被一阵门铃打断。他皱了皱眉，还是跑过去开了门。门口站着两男一女，为首的少年看起来只有17岁左右，黑眸纯粹而深邃，一头黑色长发束成马尾，如果不是有喉结，很容易呗认成女孩子。他身后跟着身着黑色西服的温雅男人和蓝色短裙的棕发女人。其中的女人看到小哀出来愣了下，随后好像想起什么似的，笑了笑道“初次见面，我们是人理存续保障机构菲尼斯迦勒底的成员，之前已经通过魔术师协会通知过了。我们来此是为了江户川柯南君，或者说，工藤新一君”
“你，你们怎么”小哀被吓得差点跌倒，幸好听到这边动静的柯南走过来，打断小哀的话。
“之前父亲已经通知过我了，只是没想到会来这么快。我就是江户川柯南，请进。”柯南将几人请进阿笠博士家，顺便把一脸惊疑不定的小哀拉了回来。
几人在客厅沙发上坐下。因为阿笠博士不在，所以家中只有小哀和柯南两人。柯南见来人没有让小哀回避的意思，便示意让小哀也坐下。女人打量了一下屋内随意摆放的各种稀奇古怪的发明，感叹道“真是了不起的创新想法，真想见见这位发明家”女人的感叹让柯南二人汗颜了一下，竟然真的有人欣赏阿笠博士的发明啊不过这个女人怎么有点眼熟
女人重新看向柯南二人