早在明军受困于果子沟的时候，沙哈鲁已经未雨绸缪，组织部分蒙古部落和工匠从伊犁河谷撤回到虎思城附近的楚河河谷。
苹果城反击战失败后，沙哈鲁在准备撤出伊犁河谷的同时，做好了焦土抵抗的准备，又派出一些骑兵通知其他各城守军同时撤退。
沙哈鲁通过上次和明军作战，觉得明军最大的短板还是后勤。只要自己适当向后再撤一撤，明军后勤补给线又得延长，必不能持久。
郭骥派出的侦查兵意外捕获了沙哈鲁派出的两个信使，这才知道沙哈鲁要率领部众逃跑的消息。
郭骥收到消息后，连忙调整部署，率领大军跟踪追击，终于在凌山脚下的山羊河堵住了四、五千蒙古部众，缴获了七、八万头牛羊和两千匹马。
但这只是沙哈鲁掩护主力撤退的一个诱饵，狡猾的沙哈鲁实际上是率领主力从明军眼皮子底下，顺着伊犁河谷下游撤退的。而新王当时忙于接收苹果城，竟然没有注意到。
新王收到沙哈鲁逃跑的消息后，迅速派兵进占了苹果城，几乎是一无所获，就连城中不便携带的大炮也被沙哈鲁提前炸毁了。
在侦知沙哈鲁的主力沿着伊犁河谷下游撤退后，他又派兵跟踪追击，向北占领了蒙古人修筑的一座要地霍尔果斯城。
然而明军得到的仍然是一座空城。明军还是没有得到补充。
新王心有不甘，准备继续北上，先攻占西辽旧都虎思城，然后再回师攻占疏勒、于阗。
这是成吉思汗当年在攻灭西辽后，再分兵占领天山以南的路线，也是收钱在后世比较熟悉的出国旅游路线。
于是他派人通知郭骥收兵回营，从霍尔果斯城共同北上。
郭骥上次已经进军过一次疏勒，对那里的情况更加熟悉，此时已经占领了那拉提城，准备翻越美丽的那拉提草原，南下龟兹，经营南疆。
他反而建议新王率军南下，会同龟兹卫收复疏勒和于阗故地后，再合兵北上。
当郭骥派人商请新王南下的时候，新王刚刚在霍尔果斯城以北抓住了沙哈鲁主力的尾巴，因骑兵兵力有限，不仅错过了进一步扩大战果的机会，还小有损失。
灰土灰脸之下，他毫不犹豫地拒绝了郭骥的建议，坚持要从伊犁河谷北上，继续追杀沙哈鲁。
由于郭骥和新王在进军方向上发生了严重分歧，明军追击不力，沙哈鲁带领三万多主力、七万多部落百姓，还有一批宝贵的工匠，竟得以成功退回千里外的楚河河谷和虎思城。
明军虽然收取了伊犁河谷，但是因为各自为战，没有及时应对沙哈鲁的主动撤退，只能算是打了个击溃战，赢了个寂寞，缴获的物资并不多，始终没有从根本上缓解后勤供应的巨大压力。
面对尴尬的局面，新王和郭骥都有些情绪化，开始相互埋怨起来。新王责备郭骥不听将令，郭骥觉得戏子出身的新王是瞎指挥。
这时，被辽王派来协助夜不收进行情报工作的傅安站了出来。
他见明军将帅不和，连忙东奔西走，把新王、定远伯郭骥和一帮团以上骨干都请到了苹果城，拿出辽王准备好的资料让大家好好研究，然后进行心平气和的讨论，寻求一个大家都能接受的行军方案。
傅安离开辽东前，辽王曾经和他聊了好久，不仅给了他许多关于西域作战的资料，还让他到西域之后取代李达接管夜不收，辅佐新王作战。
但是傅安很谨慎，到了西域之后，只是默默地作一些拾遗补阙的配合工作，并没有传达辽王