23岁这一年，瓦剌太师也先南下进攻明朝。在王振的鼓动下，朱祁镇想学习太爷爷朱棣那样武征漠北，于是下旨出兵50万，御驾亲征。谁也没有想到这场亲征将会是明朝建国以来最大的一场灾难。明军走至大同，王振听说前线战败便要掉头回去。
由于长途跋涉，后勤供应不足，士兵们已是疲惫不堪。若是此时有人偷袭，那么明军很可能就会崩溃。很不幸的是，瓦剌大军一直在尾随明军，而朱祁镇和王振还浑然不知。在行至宣府时，也先发动袭击，朱祁镇派成国公朱勇率军阻击，结果是全军覆没。
紧接着，明军就在土木堡被瓦剌彻底击溃，随行的文官武将都战死沙场。有一位将军在战死之前奋力杀掉了祸首王振，然而为时已晚，皇帝朱祁镇被俘虏，最精锐的三大营也全军覆没。
消息传回bj，朝廷震动。在如此紧要关头，孙太后还想着保住儿子的皇位，下旨立朱祁镇3岁的儿子朱见深为皇太子。于谦等大臣极力要求应该让朱祁镇的弟弟朱祁钰登基，以应对国难。孙太后最终同意让朱祁钰登基，遥尊朱祁镇为太上皇，而皇太子仍为朱见深。
此时的瓦剌首领也先挟持朱祁镇向bj而来，一路上企图利用朱祁镇叫开明军的城门。没想到朱祁钰早有准备，勒令各地守将不准给太上皇开门。朱祁钰任命于谦重新整编军备，加固城池，动员城中军民备战，在也先到来之前做好了充足准备。
也先原本得意洋洋地以为明军已经不堪一击，没想到他到了北京城下后，仅靠3万人根本攻不破bj任何一座城门，不到一个月就仓皇逃走。bj保卫战的胜利让于谦名留青史，也让朱祁钰声望达到顶点。
然而，没等到朱祁钰高兴多久，朝中就开始有人建议早日迎回太上皇。朱祁钰表面不说，可心里并不想让朱祁镇回来。
经过于谦劝说，朱祁钰才不情不愿地派使者与瓦剌谈判。公元1450年，太上皇朱祁镇从瓦剌归来。距离土木堡之变已过了一年之久，北京紫禁城已经换了主人。。3。，
朱祁镇一回来就被软禁在南宫里面，禁止任何人前去探望。虽然史书上说朱祁钰对大哥非常不待见，处处刁难，但朱祁镇在南宫的生活却远没有史书形容的那般困窘。根据史料统计，朱祁镇在南宫的青年时期生了三个儿子、三个女儿，而且都得到了妥善的照顾。
在婴儿夭折率极高的古代，这六个孩子全都长大成人。从这方面来看，朱祁钰在物质待遇上并没有苛待太上皇。然而，从高高在上的皇帝变成一个有名无实的太上皇，这对于朱祁镇来说还是一个不小的打击，这也为日后朱祁镇对朱祁钰一家的报复埋下了伏笔。
1452年，朱祁钰不顾群臣反对，强行将朱祁镇的长子朱见深从太子废为王，改立自己唯一的儿子朱见济为皇太子，还废了自己的原配汪皇后，改立太子生母唐贵妃为皇后。
没过多久，朱见济夭折，唐皇后因伤心过度而去世。朱祁钰将他以皇后之礼安葬于天寿山。此后，朝中要求复立朱见深为太子的声音越来越强烈，朱祁钰却充耳不闻，把希望放在自己还能再有儿子上面。
5年后，朱祁钰病重不起，石亨、徐有贞等人在得到孙太后的手诏后带人冲进南宫迎接太上皇朱祁镇复辟。20多天后，朱祁钰去世，终年29岁。朱祁镇处死了朱祁钰重用的于谦、王文，废除了朱祁钰的帝号，将其以亲王之礼葬于bj金山。同时勒令朱祁钰的妻妾全部殉葬。