乾隆四十一年1776年，降服土司索诺木。
此外，阿桂还两次督师镇压甘肃回民起义，参与制定镇压台湾林爽文起义和抗击廓尔喀今尼泊尔进攻西藏的进兵方略。
阿桂知人善任，发现才能胆识之士，即使是“散僚卒伍”，也“即登荐牍”。
其下属有一位将校，名为瓜尔佳兴奎，相貌魁伟，气度不凡，阿桂见后，称叹“此将材也。”当即赐他副将札，命他进攻敌方阵地，果然大获全胜。
以后兴奎屡立战功，为一时名将。
王昶、韩崶、张百龄、玛拉特松筠和朱尔赓额等人都是阿桂从他们身为微员时提拔上来的，或得到阿桂的赏识力荐，“其后皆为卿相”。
乾隆二十五年1760年，阿桂认为“伊犁为西域适中之地，幅员广阔”，如果能“悉心筹计，从容布置”，则能取得成效”。
为实现驻兵守边的目标，他查得伊犁的海努克及固勒札等地“水土沃衍，且有河可引灌注”，判断如果在此地开垦屯田，就可以充实军粮。
阿桂所言，使乾隆帝作出了伊犁驻兵屯田的决策。
同年八月，乾隆帝下诏“以阿桂总理伊犁事务，授为都统。”阿桂受命后，对伊犁驻防和屯田进行了周密的计划和安排。
在给乾隆帝的奏文中，他提出了七条建议
第一，增派更多的维吾尔族农民到伊犁，大力推行“回屯”。
阿桂有个估计，即乾隆二十五年1760年的三百名维吾尔族农民屯田收获量，“可敷屯田回人一千户之食”，而目前在伊犁的维吾尔族农民数目太少，最低还应再迁移七百名去，才能使“回屯”有所发展。
第二，增派数量更多的士兵，从事驻防屯田，即兵屯。阿桂把驻军分成两部分，满洲军队负责驻守，绿营兵专事屯种。
根据当地自然条件和屯田发展前景的估计，阿桂建议将驻防的满洲兵再增加六百名，与此相适应的是将现有的绿营兵一百名增加到一千名，这就既能完成驻守任务，又能保证驻防兵的军粮供应。
第三，在发展屯田的基础上，逐步增加驻军的数目，提出“增派官兵请随时酌量定数”。
阿桂认为如屯田的维吾尔农民和绿营兵都各达到一千名，到乾隆二十七年1762年，就可以生产出足够五、六千名士兵食用的粮食。
粮食足用，就可以相应增加驻军的数目，以加强对这一地区的控制。
第四，陆续修建城堡，保证屯田的顺利开展。
阿桂经过实地调查知道，伊犁地区的要害地点，“河北则固勒札，河南则海努克”，“而地土肥饶之处则察罕乌苏”。
因此他主张“应于海努克筑城，以回人三百名屯田，用兵数百名驻防察罕乌苏筑城，以绿营兵一千名屯田并驻防固勒札须筑大城，凡驻防大臣公署、仓库咸在，以为总汇”。
第五，筹集马匹和骆驼，设置沿途台站，以传递文书，运输物资。
阿桂认为，伊犁现有的六百匹马不敷使用，应再购买一千余匹，再从乌鲁木齐调五百匹骆驼，这样便可设置多处台站，保证信息的传递和物资的运送。
第六，调运沿边粮食到伊犁，解决当前军队缺粮的困难。
第七，从流放到新疆的犯人中，简派能工巧匠赴伊犁，传授内地先进的生产技术。
阿桂在新疆的实践活动在伊犁屯田的成功，无论在经济上政治上都具有重大意义，它对于开发边疆地区的经济，密切西北与内地的经济联系，巩固中国多民族的统一的国家，