继位时，蒙古汗权衰颓已久，漠南蒙古诸部各自为政，根本不听林丹汗的号令。林丹汗矢志继承达延汗的大业，时常袭扰大明辽东边境，力图以武力统一蒙古各部，恢复蒙古黄金家族的权威，对抗逐渐崛起的建州女真。
但直到努尔哈赤建立后金汗国，林丹汗都未能完成统一蒙古诸部，反而努尔哈赤不断与蒙古诸部联姻，将原本统属于林丹汗察哈尔部的科尔沁、敖汉、奈曼等部拉拢到麾下。
天启七年时，林丹汗在辽河流域已是众叛亲离的状态，被迫率部向西迁徙，击败、吞并了土默特、鄂尔多斯等部。随后后金消灭了林丹汗留在察哈尔地区的残部，吞并了察哈尔故地。
天启九年时，皇太极联合蒙古诸部组织大军西征，明面上打的旗号便是讨伐林丹汗，只是最后在攻察哈尔和攻明之间选择了后者，进而爆发了“己巳战役”。
当时林丹汗与大明的关系也很是恶劣。他西迁的一个重要目的就是获得蒙古右翼所拥有的“市赏”，但穿越而来的朱由校严词拒绝了林丹汗的要求，杀掉了林丹汗派来的使者，并停止了北方边境上的所有互市。
历史上，林丹汗于崇祯元年本书为天启八年六月率军大举入侵大同，杀死明朝军民数万人，差点攻占大同城，迫使明朝不得不恢复“市赏”。
但此时受到朱由校穿越的影响，大明朝廷在天启第一大案中获得大量粮饷得以补充、安抚宣大两镇边军，以及黄立极在山西励精图治使得大同镇获得稳定有效的支持。林丹汗在边境受到大同军民齐心协力的顽强抵抗，连大同的边都没摸到，最终扫地而归，没有翻起什么波澜。
于是，在皇太极率联军入寇大明京畿时，林丹汗选择高坐钓鱼台，冷眼旁观，企图在后金和大明的战争中坐收渔翁之利。只是林丹汗万万没料到，仅一个月的时间皇太极就败得那么彻底，连滚带爬跑得飞快，在他没有反应过来时就已经逃回了辽东。
到天启九年正月时，朱由校革除了万全都司和山西行都司，建立宣大军。
时任宣大军指挥同知的茅元仪为了练兵，也为了给黄笃豫、王兴、王来聘、朱可贞等将领积累实战经验，几次率部跨过长城出击察哈尔部，屡战屡败，屡败屡战，几次打到归化城外围，逼近林丹汗的核心统治地域。
但每次茅元仪都适可而止，率军打到距离归化城还有几十里就调头返回长城内。这让林丹汗明白，这是大明朝廷在告诉他，大明既然能击败皇太极的建奴大军，也就有能力击败你林丹汗的蒙古军，且大明想打就打，想走就走，你林丹汗根本无力阻挡。
同年年尾，茅元仪调任征东军团，宣大军指挥使李邦华就亲自督军实战练兵。
但李邦华的领兵出战方式更暴躁直接。他考察了上直军神兵营和京师三大营之一的神机营，惊叹于这两支部队的变化和全新的军容军貌，深刻领会到皇帝朱由校要大力建设专业火器部队的思想。
于是遴选军中精锐和火器好手，调集宣府、大同两大军镇各部的火器、火炮，又从山西巡抚黄立极和晋绥军指挥使孙传庭手中以各种形式换走了许多火器和专业的技术人员，组建了宣大军的专业火器部队。
李邦华直接带着这支部队出塞，将各式火炮运到归化城下，对着城池一番狂轰滥炸，轰击了大半天。正当李邦华认为试验火炮和练兵的目的已经达成，命令部下准备开拔撤回大同时，林丹汗竟然举着白旗走出归化城，表示愿意奉大明为宗主国，向大明纳贡称臣。
天启十年五月初六早朝，林丹汗入京朝见。