勒令内阁辅臣来宗道、右都御史解学龙、刑部尚书薛贞、刑部左侍郎乔允升、吏部左侍郎周应秋致仕归乡；
迁北直隶巡抚钱龙锡为刑部尚书，入阁参预机务；
迁兵部右侍郎黄道周为礼部左侍郎；
迁太仆寺少卿侯恂为吏部左侍郎；
迁户部右侍郎毕懋良为刑部左侍郎；
任命左副都御史王绍徽巡抚北直隶；
任命阎鸣泰为兵部右侍郎；
破格提拔王润珠为户部右侍郎，他是成化年间着名数学家王文素的后人，还是戊辰年算科进士第二名，与华三省同为满分高中；
破格提拔宋惠牧为刑部右侍郎，他是宋代着名官员宋慈的后代，原本是安庆知府安上达属下推官，被叛军囚禁，为锦衣卫所救。
朝中大量大小官员职位变动，一批受到江南乱党案影响的官员也随之落马，朝廷中江南士绅和文官集团势力受到巨大限制。
朱由校也开始酝酿财税制度和工部架构的改革，但这必将是一个艰难且漫长的过程，不可能一步到位。
朱由校把在山东和北直隶已经施行落实到基层的“摊丁入亩”制度全面推开，并首先在南直隶和浙江施行“官绅一体当差纳粮”及“火耗归公”制度。
考虑到明代官员俸禄太低，官员生活困窘，很容易造成贪污腐败的现象。朱由校直接废除太祖朱元璋祖制中对官员俸禄的规定，制定施行新的俸禄制度，大幅度提高官员待遇。
基本俸禄上，全面提高各等级官员的月俸，一至三品官提高一倍，四至六品官提高二倍，七至九品官提高三倍；
各等级官员在职时可在皇庄中获得职田，可以自耕或出租，致仕时收回；
仿照后世的退休养老制度创立针对官员和官府当差人员的“养老金”；
在张居正制定的“考成法”的基础上，建立“绩效法”给予补充完善。如果朝廷官员未能完成皇帝下达的任务、达成目标，会受到训斥、罚俸、贬谪甚至下狱的惩罚，反之，能正常完成甚至超额完成的则有相应的荣誉、津贴、升迁等作为奖励。
前期为了安抚流民，朝廷主要实行了几大举措
第一是招募流民中的精壮人员组建新军补充兵源；
第二是积极兴修水利、大规模建设基础设施，招募流民作为工匠劳力，以工代赈；
第三是迁移流民垦荒屯田。从天启九年七月开始，朝廷就组织船只每个月定时定量向台湾运送流民。己巳战役后为了建设、巩固辽南，又从山东和北直隶迁移了一大批流民；
第四是平定河南农民起义后，朝廷重新掌控了河南地方，就使河南籍流民返回故土。而许多地方因为战火等原因造成十室九空，土地变成无主之地，收回朝廷所有，朝廷就迁移了一些陕西流落过来的流民使他们安居在这些土地上；
但这些远远不够，多年的天灾饥荒，使得整个陕西土地荒芜，人民流散，以上措施虽然可以缓解流民问题，但在平定江南叛乱的过程中，又催生了更多因战乱破产逃亡的流民。
于是，在抄获江南巨额财富之后，朱由校决定将“以工代赈”扩大化，下诏征募百万劳力进行几项庞大的工程
第一是展开大运河工程，对京杭运河主河道挖掘清淤，疏浚修复部分年久废弃的辅助河道；
第二是展开两京高速工程，修筑一条从