最开始是由田尔耕主导，北镇抚司独立行动，大量锦衣卫潜入到江南各地，探查摸清南镇抚司的情报人员和网络，用各种真假情报诱导、欺骗已经被江南集团控制的情报网，潜入江南各地搜集情报，营救被叛党拘禁的官员等。
魏忠贤启用了大量东厂隐藏在南方的暗番搜集各种情报，查找通过各种方式渠道、明里暗里、直接间接参与或支持叛乱的人，不论身份地位记录在册。
影卫也进行了少量行动，例如探查扬州府仪真卫、潜入南京皇宫获取兵力部署和将领人员名单、策反洪武门守卫张小明等。
西厂在平定叛乱中没有实际行动，只是进行了部分情报核实与传递的工作。
在皇帝和朝廷的故意放纵下，经过各机构长达一年多的侦查探寻，最终形成了一份多达数万人的名单。
江南叛乱全面平定，朝廷各种人员进入到各府州县控制府衙监牢，拿着名单四处出击，锦衣卫、东厂番子、军队官兵、衙役、捕快等等各种人不分白天黑夜到处抓人。
有的人走在路上被抓，有的人吃着饭被抓，有的人今天还在抓着人第二天自己就被抓，有的人半夜在床上正奋战都被拔出来赤条条扔进监牢。
前期主要是在南直隶、浙江、江西、湖广一带抓人，一边抓捕一边审问，被牵连的人越来越多，逐渐波及到北直隶、山东、山西、河南、福建、广东等地都有在抓人。
民间将这次大规模搜捕行动称之为“天启大清洗”。
各府州县的监牢都人满为患，百姓们人心惶惶，社会动荡，正常的社会运转都受到了影响。
天启十一年三月，被缉捕人数突破十万，朱由校下旨停止大规模搜捕行动，发布了量刑定罪的具体标准和细则。各地府衙或负责审理的锦衣卫根据朝廷的标准和细则来衡量定夺，重大罪犯抄夺家产押解上京，中等罪犯定罪行刑监禁，轻度罪犯则行刑受罚，轻微触犯者缴清罚款或受刑后即可释放。
最终经三司拟定，然后皇帝定夺后，缉捕人员中大多数都属于轻度罪犯和轻微触犯者，直接由当地府衙处理。重大罪犯和中等罪犯全都押回京师。
天启十一年六月一日，刑部、大理寺、都察院三司共同向天下公布了对主要叛党的处理结果
鲁废王朱寿鋐，犯上作乱，乱党匪首，籍没府库家财，全脉斩立决；
楚王朱华奎，犯上作乱，乱党匪首，革除楚国，籍没府库家财，全脉已殁；
吉王朱由楝，犯上作乱，乱党匪首，目前在逃，革除吉国，籍没府库家财，待归案处理；
荆王朱慈烟，犯上作乱，乱党匪首，中途悔悟，革除荆国，籍没府库家财，废为庶人，永守凤阳祖陵；
岷世子朱企豊，犯上作乱，乱党匪首，目前在逃，革除岷国，籍没府库家财，待归案处理；
宁藩乐安郡王府、建安郡王府，犯上作乱，乱党匪首，目前在逃，革除宁国，籍没府库家财，待归案处理；
淮世子朱常清，犯上作乱，乱党匪首，革除淮国，籍没府库家财，全脉斩立决；
忻城伯赵之龙，犯上作乱，乱党匪首，籍没府库家财，诛九族；
成废国公朱纯臣，犯上作乱，乱党匪首，籍没府库家财，诛九族；
魏国公世子徐文爵，犯上作乱，乱党匪首，处凌迟，妻妾儿女斩立决；
魏国公徐弘基，疏于职守，教子无方，籍没府库家财，夺去爵