起事前，江南士绅集团就已经暗中控制了许多卫所军队，然后又以锦衣卫假传军令胁迫或者以通过杀害将领夺取兵权等方式掌控了更多军队。
不久，扬州府就已经聚集了邳州卫、淮安卫、大河卫、高邮卫、仪真卫、扬州卫及部分暗地招募训练的私兵，共计六万人。
赵之龙也不傻，他明白起兵造反没那么容易成功，所以也不着急北上，而是首先在扬州府改编重组军队，在军中大量安插自己人，清除不稳定因素，掌控整支队伍。
朱寿鋐任命柳祚昌为“左将军”统率滁州卫、英武卫、飞熊卫、江淮卫、建阳卫、沈阳右卫共计四万人驻守滁州，防备凤阳府一带的登莱军。
任命张拱日为“右将军”统帅南直隶的苏州卫、镇海卫、太仓卫、金山卫及浙江的海宁卫、杭州前卫、杭州右卫、绍兴卫、临山卫、宁波卫共计四万人，向浙江、福建等地进军。
张拱日率部南下，到达宁波府，本想乘船渡海攻打舟山岛，但是他发现整个浙江沿海居然连一条稍微大一点的船只都找不到了。
之前为了组建东海水师，就已经把浙江、福建、南直隶沿海几乎所有战船都抽调一空，现在江南叛军能找到的也就剩下一些小渔船以及内河船只，但内河船只大多不适合航海。
张拱日无奈，只能继续南下，台州卫、处州卫、温州卫都归附。当张拱日继续去寻找其他卫所和水师时才发现早已人去营空。
浙江沿海的观海卫、昌国卫、海门卫、松门卫、盘石卫、金乡卫大多是沿海的水师部队，前面南居仁整顿卫所时实际上已经把这几个卫所掏空，还能用的精壮人员全都调到舟山岛编入东海水师，老弱病残就发了点银子遣散归家，所以这些卫所虽然编制还在，但已名存实亡。
张拱日率部准备南下进入福建，在分水关一带遭到福建官兵顽强阻击，无奈只能放弃进入福建的想法。
福建都司指挥使王瑞栴和总兵官熊文灿收到朱由校的密信后就开始暗中准备，一收到朱寿鋐起事的消息便马上调集兵力屯驻福宁府、福宁州一线。熊文灿也立刻给郑芝龙去信，让他率南海水师回援。
八月十八日，在北京的朱由校也收到了锦衣卫传回的紧急报告。
“唉终究还是来了，江南这帮人真的是作死。”在军机处，朱由校仰天长叹。
郭允厚来到朱由校身边，低声道“陛下，府库中的存粮已逐渐减少，现在江南反叛，漕运必然断绝，当早做打算。”
闻言，朱由校看向徐光启，问道“徐爱卿，现在新作物推广如何了”
徐光启道
“禀陛下，去年开始改良推广的主要有三种新作物。
第一是土豆，今年七月山东、北直隶的皇庄已经收获了第一批，但是数量较少，只能作为种苗分发到农户手中，年底第二批就能成熟，但保守估计也只能勉强补充当地百姓的吃食和育苗之用，真正收成还得看后续；
第二是玉米，去年就已完成了品种选育，今年山东和北直隶均有大面积的种植，本月底就可以收获，由于已无须再大量向农户派发种苗，所以今年皇庄应该可以收获到一定量的粮食来充实国库；
今年三月，河南的动乱平定后朝廷就向回归的农户分发了玉米种苗，并遣人指导耕作种植，预计十月左右就能成熟收获，可以为朝廷赈济河南减轻负担；
第三是甘薯，经过调研才发现，原来在两广和福建一带已有大量百姓种植，早已完成了种苗的选育且收获乐观，所以农政局在南方购买了大量种苗，