帝王组织怪兽遗产这部衍生剧的剧情比较简单，采取双线叙事，一条线讲述的是1959年，前美中尉“李肖”、科学家“三浦惠子”、“威廉兰达”三人，通过追寻怪兽哥斯拉的踪迹，最终建立帝王组织的故事。
另一条线，讲的是在旧山金事件后，“大志兰达”神秘消失，他的女儿凯特以为父亲死亡，便在母亲劝说下去东京处理后事，却意外发现父亲在东京竟然还有一个家庭挺离谱的设定。
随后，凯特和他的便宜哥哥健太郎意外发现了父亲留下的文件关于帝王组织的绝密资料。
为了躲避帝王组织的追杀自以为自己在被一个邪恶组织追杀，又是一个离谱设定，凯特和同父异母的弟弟健太郎、小梅和李肖，一起踏上了逃亡和寻找父亲之旅。
而大志兰达在南极冰原消失踪迹，南极冰原又有帝王组织的地心钻探点项目，李肖相当怀疑大志兰达是发现了什么秘密，然后就被帝王组织给囚禁起来，就和当初的自己一样。
李肖找到他的朋友帮忙，开飞机送他们几人到南极洲大陆，所以他们几人才会出现在这里。
至于那个开飞机的朋友，已经在霜豚的寒冰吐息下化作冰雕，见了上帝。
时间回到现在。
此时此刻，主角团四人躲在一辆装甲车残骸后，听着怪兽的咆哮，士兵不断惨死的嚎叫，凯特几人不由瑟瑟发抖，心惊胆颤。
但是，无论是怎样的害怕和恐慌，丝毫不影响凯特几人的相互埋怨和争吵。
小梅懊悔道“该死的健太郎，我为什么要和你来这里，找你那不负责的父亲在家舒舒服服的睡觉不好吗我真是假酒喝多了”
健太郎皱眉道“你怪我你不跟着我一起逃亡，早就被帝王组织的特工抓住了什么叫跟我来这里，是我一直在保护你，好吧”
小梅气打不一处来，怒道“不是你让我解密帝王组织的绝密文件，我会被盯上说真的，你是我见过最不靠谱的男人，仅仅是知道你父亲最后活动在南极大陆，就敢没准备的跑到这鸟地方来”
健太郎本来还想争辩，他的便宜妹妹凯特已经受不了，大吼道“够了，你们两个消停点现在争论这些还有什么意义不如想想如何在这冰雪怪物的手中活下去”
健太郎冷哼一声，道“你现在来当好人呵呵，不是你突然出现，打破了我的生活，会引发这一连串的事故”
“你说什么健太郎”
听着凯特、健太郎、小梅三人喋喋不休的争吵，李肖摇摇头，暗自叹了一口气，心道
“唉果然不是所有带着兰达姓氏的人，都有勇敢与睿智的品质老朋友，这一次我又错了其实，我就算被帝王组织终生软禁在人才风险管理院，也没什么大不了。”
说实话，他有些后悔几天前的冲动，带着这群天真的孩子，踏上南极洲大陆。
“啊啊啊救命”士兵们的惨叫声此起彼伏。
看着被霜豚怪兽屠杀的越来越少的士兵，以及怪兽那楼房一般的庞大身躯，李肖已然绝望了。
在这白茫茫的雪原上，他们根本无处逃遁，而自己身前的装甲车给不了李肖丝毫的安全感。
“活下去除非出现奇迹我们今天死定了”
不知道是不是凯特几人的争吵声太过聒噪，霜豚突然注意到了他们，怪兽竟然抛下了剩下几名开枪的士兵，直直朝着几人