虽然相比于家长里短，这是一个距离现实世界相当遥远的问题，但一代又一代的学者们却从未停下探究其根源的脚步。
历史上，各种各样的猜想和理论层出不穷，但又和各地联盟的冠军天王名单一样，几乎每隔几年，就会完全换一个模样。
人类的蒙昧时期就自不必说了。每一片地区都有着属于自己的图腾宝可梦和起源神话。从凤王到洛奇亚，从帝牙卢卡到帕鲁奇亚，从哲尔尼亚斯到伊裴尔塔尔，几乎每一只强大的传说宝可梦，都曾经被附近地区的人们当做创造世界的神明顶礼膜拜过。
而到了联盟成立后的现代，科学与理性终于迎来了启蒙的曙光。
就在神职者和宗教家们还在为各自的信仰争论不休的时候，科学家们率先拿下了一分
他们根据实验测得的dna数据，以及各地发现的远古化石遗迹，认为世界上并不存在一个手捏万物的神明，被他们成为幻之宝可梦的精灵“梦幻”，才是世界上最早诞生的宝可梦。
他们进而提出假设，称除了人类创造出的那些现代宝可梦之外，图鉴上的所有宝可梦全都是这只梦幻精灵的子嗣。
而之所以会出现如今图鉴上这么多种千奇百怪的宝可梦，则是因为宝可梦除了在本身的进化链条之外，每代亲缘之间同样也存在着某种缓慢的生物进化。
把这种“慢性进化”放到千万年的时间尺度之上后，原本那些相貌、能力、属性一致的梦幻便开始开枝散叶，为了适应世界各地的环境，走上了各自不同的道路。
靠近河流海洋的梦幻成为了水系精灵，生长出鳃和鳍翅；临近高山矿脉的梦幻皮肤逐渐坚硬，变成岩石系；需要穿梭于林叶的梦幻则最终生长出翅膀，学会飞翔类似的研究理论最终被并入宝可梦研究的蛋组学。
而正当研究所中的白大褂们欢呼雀跃，为科学的胜利而弹冠相庆的时候，刚刚独立不久、尚还只是一个新兴学科的精灵学研究，却从背后捅了这些兄弟学科一刀。
在大木博士开始崭露头角的那个年代里，人们对于宝可梦的研究变得更加系统，更加严谨。
原本那基于人类生物学而推导出的“梦幻起源论”，在这新一代的学术视角下，顿时变得破绽百出起来。
一个事实很快就被摆上了台面，梦幻并非是世界上出现的第一只宝可梦。
无论是长眠在丰缘地区深海地壳下的超古代精灵，还是长眠于神奥地区雪峰神殿中的雷吉奇卡斯。这些如今被证明真实存在的宝可梦，它们曾活跃过的年代，实则远远早于过去那些发现的梦幻化石。
同样的，早期科学家们所提出的“慢性进化”理论也一并遭受到新一代研究者的猛烈质疑。
从宏观的物种角度来看，大部分精灵们的基因实则比生物学家预想的要稳定、坚韧得多。
许多地区观测到的亚种现象也证明了，宝可梦的亚种演化更接近于一种用进废退的“集体突变”，只要把那些地区亚种的精灵带回原本的环境，过不了几代就会完全还原回其原本的种群姿态。这种演变方式与过去学者们构想出的物竞天择式淘汰大相径庭，几乎完全动摇了“梦幻起源论”的根基。
而且，最关键且要命的一点是，在“梦幻起源论”的逻辑框架中，还存在着一个巨大的理论空洞，那就是人类在整个自然界中所处的位置。
这个理论纵然可以解释一部分宝可梦现象存在的原因，却完全回避乃至于漠视了人类种族的起源问题。对于世界根源的探索更是聊胜于