东林党争
当顾宪成等人在东林书院讲学议政，逐渐聚合成一个政治集团“东林党”的时候，另一批官僚，也逐渐形成按籍贯划分的几个“党”，它们是山东人的齐党，湖北人的楚党，安徽宣城人的宣党，江苏昆山人的昆党，而以浙江人的浙党声势较大。浙党首领沈一贯、方从哲先后出任过内阁首辅。他们在当权期间，依附皇室、勋戚，交结宦官，不断排斥官员；齐、楚、浙、宣、昆等党的重要人物都官居要职。他们为牢固地保持自己的权位，以攻击东林党为首务，东林党人则一再抓住对方的弊端加以参劾，于是出现了历史上有名的明末党争。
东林党与对立各派之争，围绕着是否拥立朱常洛神宗长子为皇太子这条主线，在“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”三案中激烈争斗，其间，双方都利用京察制度作为打击对方的手段。
争国本
国本之争
明末党争始于所谓“争国本”。“国本”，指皇帝的继承人。国本之争，是围绕于朱常洛为皇帝继承人的问题而展开的。
明神宗的皇后多年不育，皇长子朱常洛后来的光宗是妃子王氏生的。1586年万历十四年，朱常洛五岁时，神宗的宠妃郑氏生下皇三子朱常洵。按照封建礼制的“有嫡立嫡，无嫡立长”，应当立朱常洛为太子。但是神宗宠爱郑氏，不仅封她为贵妃常洛的生母王氏未封贵妃，还想立朱常洵为太子。内阁大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等虽然也主张依制立长，但他们怕触犯皇帝，有时态度暧昧。许多朝臣包括后来属于东林党的一派人，一则认为应该依制立储，二则深恐郑氏家族窃权，纷纷上书，坚决要求尽早立皇长子常洛为太子。立长是名正言顺，神宗不好公然违反“祖制”，所以立太子的事拖了几年也定不下来。1593年万历二十一年正月，神宗下诏将长子朱常洛和另外两个儿子朱常洵、朱常浩同时封王，而不明确皇位继承人，以便朱常洵仍有被立为太子的机会。包括顾宪成、顾允成兄弟在内的许多廷臣，上奏阻止这一诏令的颁发。神宗迫于公议，于二月间收回了三王并封之命。
不仅许多朝臣，就连神宗的母亲慈圣皇太后也坚持立长，因此到1601年万历二十九年，神宗只得册立年届二十的皇长子朱常洛为太子。神宗同时封朱常洵为福王，但又不让他到封地洛阳去，还以授给福王的土地不足四万顷为借口，继续将福王留在宫中。当时东林党人叶向高为内阁大学士，上疏坚决反对。在叶向高等人一再敦促下，1615年万历四十三年三月，万历帝让福王赴洛阳，授给他的庄田也削减了一半。这就是“福王就国之争”。
福王朱常洵到封地之后，郑氏集团仍谋夺取皇位继承权，一再策划谋害太子朱常洛，因而发生了明末著名的宫廷三案；梃击案，红丸案，移宫案。
梃击
梃击案
梃击案发生于1615年万历四十三年五月。一天，有个男子手持枣木棍，从东华门直奔内廷，闯入皇太子常洛居住的慈庆宫，打伤了守门的侍从，一直闯到前殿檐下才被抓住。神宗下令审讯。负责审问的浙党官吏，说这个名叫张差的男子是个疯颠病人，企图糊涂结案，而内阁首辅、浙党首领方从哲也不提出深究。东林党人、刑部主事王之寀通过单独提审和与刑部许多官员共同审讯，迫使张差供出是名叫庞保和刘成的两个太监，“令我打上宫门，打得小爷指太子，有吃有穿”。这两个太监是郑贵妃宫内的。朝中的东林党人和不少官员据此推断，这是出于郑贵妃及其兄郑国泰的阴谋，于是坚决要求彻底追究。神宗只得亲自出面，在慈宁宫召见群臣，下令立即将张差斩首，又把郑贵妃宫内参与此事的两个