出任江西学政，累迁内阁学士、礼部侍郎。中法战争后，推举的唐炯、徐延旭办事不力，坐罪降职。回乡赋闲，发展家乡教育事业。
宣统元年1909年，调入京城，充任礼学馆总裁、内阁弼德院顾问大臣、正红旗汉军副都统，成为宣统帝溥仪的师傅，监修德宗实录。
此时陈宝琛眼见自己的学生溥仪对于回国之事迟疑不决，心中怜惜之情油然而生。陈宝琛试探道“皇上，老臣在天津住了数年，亲眼见到天津数年间变化。从皇上离开天津，前往日本之日开始计算，不过6年时间，天津城繁荣了十倍有余。河北各地虽然不如天津，也皆是蒸蒸日上。以此观之，当今天下可谓锦绣河山。”
听老师这么讲，溥仪不由得有些难过，还生出些莫名的惭愧。沉默一阵后溥仪叹息道“老师，朕大清的锦绣河山就这么丢了，朕真的无颜面去见列祖列宗。”
陈宝琛已经确定溥仪还是没能接受满清复国无望的现实，想到现在中国的变化，陈宝琛心中痛苦，他摇摇晃晃站起身，就要给溥仪跪下。溥仪此时绝非当年四体不勤的少年，他一把扶住陈宝琛，“老师，何至于此。”
陈宝琛被溥仪扶到椅子上坐下，他抓住溥仪的手臂，已经泪流满面，哽咽着说道“老臣，老臣为官数十载，内不能安邦定国，外不能平定外患。明明国家可以威服四海，却只能眼睁睁看着朝廷一败再败丧权辱国。如此尸位素餐，颟顸无能，对不起朝廷，对不起皇上”
溥仪心中也一样难过，却连忙劝道“老师，此事自当由军机大臣与首辅承担。怎能怪到老师身上”说到这里，溥仪却也忍不住流下眼泪。
师徒相对垂泪，过了好一阵，陈宝琛擦去泪水，请溥仪坐下，“皇上，若是何锐称帝，皇上倒是可以迁居海外图谋恢复。然而当今帝制已经断绝，若是恢复大清，便是与中国为敌。若是有人想恢复满洲，想利用皇上，皇上万万不要被这等贼人所骗。”
溥仪心中一震，欲言又止。他在日本求学，的确眼界大开。以前他只是跟着老师们学习治国，其实完全不懂。在军校中学了包括组织工学在内的许多学科，获得了中层与高层的知识体系，才上下贯通豁然开朗，明白了什么是帝王权术，又是什么在支持帝王权术。所以溥仪很清楚，自己人想重新称帝，那是天方夜谭。理论上能恢复国家的办法，就是先有一片领地。就如当年何锐那般，先掌握东北，积蓄力量，进而图谋天下。
当然，这也只是一个理论上的可行方案，溥仪也知道这其实不可能。
只是陈宝琛如此明确的让溥仪断了重建满洲的念头，就等于告诉溥仪绝无复国可能。溥仪若是已经愿意接受这样的结果，他早就会选择回国发展，怎么可能在此事上迟疑不决。
陈宝琛并不想劝说溥仪放弃复国的想法，他知道这等事情劝不了。陈宝琛知道，自己遇到能够真正恢复满清的机会，他也会尽力争取，就更别说溥仪了。所以陈宝琛正想继续劝说溥仪，溥仪却先开口说道“老师，若是我能建立如何锐般的功业，可否复国”
听到这话，陈宝琛只想苦笑。却答道“别说建立如何锐般的功业，哪怕只是一半，全国上下定然请皇上复位。”
说完，陈宝琛就见溥仪抿着嘴唇不吭声。虽然陈宝琛不想打击溥仪，却不得不硬起心肠继续说道“然而当下，陛下非得建立更胜过何锐的功业。所以，老臣还请陛下尽早归国从政。只有如此，陛下才能尽早为国效力。”
溥仪早就考虑过这条路，当下局