虽然起因未知，但带着几个心腹和足够先进的医疗设备的组织boss已经上了船。这艘船预计会快速进入公海并且先去往美国, 再绕到欧洲。然而还没等开船, 船上就出现了命案。
时间被拖延后, 原本在另一个被当做诱饵使用的，boss给仁王命令里的那个码头的柯南和特工们，突然出现了。在柯南的一番推理和分析, 以及莫名出现的命案的指引下，一行人来到了组织boss所在船只的附近, 注意到了解决掉突然来的命案而终于出发的这艘船。
更敏锐的特工们意识到这艘船的不对, 降谷零甚至认出了这是组织的型号。
于是分别带了人的特工们试图在船刚开出港口的情况下拦住这艘船。
他们只带了人没带船，还好船还没开太远, 各自用自己的办法登陆上船。
原本柯南被留在岸边，但到了最后关头，柯南当然不想待在安全的位置。他认为自己同样需要做出努力。工藤优作帮助他上了船。然后就很巧合，或者也是必然地，他们遇到了boss，并且在boss还没反应过来的时候先被贝尔摩德保护了。
boss更在意登船的赤井秀一, 也很在意终于脱掉了波本面具的降谷零，甚至在意突然出现的真田。
“我当初说你是组织的银色子弹果然，你和你父亲很像。”组织的boss在船舱里通过监控观察船上的一切。他用有些慈祥的，慈祥到恶心的语气开口道“其他人都没有认出来，但你进入组织的那一刻我就认出来了，你是那个人的孩子。”
乌丸莲耶拥有表达欲。成功的企业家多少都有点社牛因素，乌丸莲耶当初能发展组织也是在美国人那里左右逢源，废了不少工夫。现在组织处在剧变时期, 哪怕是他也想要说点什么“还有波本，能忍到现在，果然不愧是情报精英。不过，能让你一直不被别人发现，应该也是托了别人的福吧。当然，能得到组织成员的帮助也是一种能力”
他说出了让降谷零毛骨悚然的话“大部分卧底加入组织没多久，我就会知道真实身份了。不过，我没打算在知道身份后就马上清除掉卧底，因为卧底为了往上爬会愿意做很多，很多别人不愿意做的事。”
“琴酒也是这一点最让我满意。”他温和地道，“总是在卧底们的利用因素下降时察觉到卧底的存在，再做干净利落的清理工作。以后或许很难再找到这么好用的杀手了。”
但听语气他想说的是“工具”没错。
说了这些还没完，还有一个重要人物。
“所以果然，日内瓦没有去那个地点对吗”boss叹了口气，“我以为他会稍微可控一些，还是不行呢。不过比起野心，你对他来说更重要，知道这个答案，会感到高兴吗，真田警官”
“在知道你的存在时，我就知道，你会是日内瓦最大的弱点。如果杀死你，他就会成为完整的，只属于黑暗的日内瓦。但他如果选择走向你那么属于组织的日内瓦会粉碎。”
其实boss的意思是，就不再存在属于组织的日内瓦了，日内瓦会叛变，会再踩组织一脚。但他没有明说。他当然知道仁王就是日内瓦，但他同样知道，如果日内瓦没有去那个地点，又没有出现在这里啊，玛格丽特来消息了，所以，日内瓦果然出现在了那个基地吗
销毁档案，日内瓦应该不会那么天真地以为，销毁掉自己的档案，就能掩盖掉自己的所作所为。知道他的过去的，还有人，而人是最不可控的。
boss本人不打算将他知道的这些事说出来。就像是他从一开始就认出了赤井秀一是赤井务武的儿子