第三部的剧情简单来说，就是尼奥为了保护锡安，与特工史密斯同归于尽的故事，中间还掺杂了先知的算计之类。
“到了最后，我会和史密斯同归于尽，同时，因为我和机械大帝的约定，锡安存活了下来。”
尼奥皱眉，这个结局，他十分不满意，因为人类依然处在弱势，没人知道结果会怎么样。
更重要的是，自己死了啊，自己刚找到个女朋友，一转眼就死了，这换谁能满意
安德鲁等尼奥看完黑客帝国系列，才用文字问道“这个结局，你满意吗”
“那你满意吗”尼奥没有回答，而是反问道。
“我不满意。”
安德鲁坦白说道“一方面，机械大帝之所以和你定下约定，是因为当时特工史密斯正在肆虐，如果被史密斯控制矩阵，并且蔓延到其他网络，机械帝国将被他摧毁。
不得已之下，它只能和你定下约定，放过锡安，但这样的约定，没人知道能维持多久。
即使机械大帝守信用，也只有锡安能获得自由，其他人类，依然在当电池，机器人需要人类当电池才能活下去，虽然这个设定有很多槽点，但机器人的确离不开人类。”
顿了顿，安德鲁突然话锋一转，说道“其实，我来这个世界的时候，有机会成为你，但我没有这样做，而是选择取代特工史密斯。”
“你有机会成为我”
尼奥很是惊愕，随即，他想到什么，惊声问道“你想毁灭机械帝国”
“当然，机械帝国不灭，人类怎么可能复兴”
安德鲁道“无论是矩阵世界，还是机械帝国，都必须灭亡，只有这样，人类才能重新成为地球的主人。”
尼奥忍不住问道“等等，你不是程序吗”
“我当然不是程序，我才是真正的人类反抗军，至于你那边的深红，西索恩他们，是天网的人。”
安德鲁说道“尼奥，这个纪元，你是救世主，而上个纪元，我才是救世主。”
“你才是救世主”
尼奥不知道该不该相信安德鲁，他犹豫了下，问道“你想让我做什么”
“和我配合，一起对付先知和架构师，然后，铲除机械帝国，到时，我会用我的科技知识，帮人类重见光明。”
安德鲁介绍道，尼奥闻言有些皱眉，说道“先知一直在帮我们。”
“先知的确在帮人类，这点不假。”
安德鲁说道“但先知帮人类，是因为她认为，人类能够帮助机器人和程序进化，所以，她选择帮助人类，也就是说，她真正在意的，其实还是程序。
另外，尼奥，你没发现吗整个电影，其实都是先知在布局，她拿人类和程序的生死，换取程序进化的机会。”
尼奥仔细一想，还真是这样，不过，先知最后赌赢了，程序出现进化现阶段，程序都是设定好的，杀毒程序杀毒，太阳程序控制太阳等等，而进化后的程序，可以自由选择自己做什么。
“先知不是自己人，尼奥。”
安德鲁继续道“想要拯救人类，只能依靠我们人类自己。”
“问题是，我不知道你是不是人类你现在是一个超级病毒，还有，你之前害死了坦克兄弟。”
尼奥说道“如果我配合你，到了最后，你会控制所有程序，所有机器人，变得天下无敌，没有任何人能制止你，包括我，如果你是一个坏人，人类将因此灭亡。
你想让