得到斩巫剑的轩辕氏如虎添翼，在与蚩尤的斗争中不再处于下风，双方总是能斗个平分秋色。
长白山中，白若静坐在黑莲之上，手指敲过怀中细长的剑身，发出阵阵悦耳的铮鸣声。
恼怒的蚩尤请风伯、雨师助阵，原来只是他的九黎部落参战，这下牵扯到的部落越来越多。一时之间风雨大作，战场之上阵阵哀嚎。
轩辕氏不甘示弱，有了经验的他再次请来救兵，一时间云开雾散，风伯、雨师这样的大巫竟然也没了办法，难道真的是不佑巫族
这一次阐教派出了燃灯、南极，与九凤打起了车轮战，只要牵制住九凤，剩下的巫族交给轩辕氏就行了。现在矛盾的焦点是以轩辕氏为首的有熊部落，和以蚩尤为首的九黎部落。
终于，在逐鹿爆发的最后一次部落之战中，轩辕氏手持斩巫剑击败蚩尤，九黎部落溃败，风伯、雨师等大巫下落不明，巫族在与人族之中的交锋中惨败。
蚩尤临死前大骂轩辕氏，“非我不敌，实乃天克巫族”旋即轩辕氏以斩巫剑斩下蚩尤头颅，一代大巫就此陨落。
九凤悲痛欲绝，被广成子偷袭得手，番天印径直在其后背落下。九凤一时不察，被打得栽了一个跟头，随后不与广成子等人纠缠，收敛巫族残部去了。
大巫刑天继续与轩辕氏对抗，双方爆发激战，最后在常羊山之战中，轩辕氏以斩巫剑斩去刑天头颅。
然而大巫刑天却未就此身死，其以为目，脐眼为口，左手持斧右手持盾，继续与轩辕氏战斗。轩辕氏勉强将刑天击退，后将其首封印于常羊山下。
巫族残余势力在阐教的围剿下渐渐退出洪荒大地，不再与人族争锋。
而轩辕氏也凭借与物巫族一战奠定了自己的威名，各大部落首纷纷推举他为新任人族共主。
阐教在人族中的传教如火如荼，一时间迎来大兴。
而成为人族共主的轩辕氏却久久没有被册封为人皇，不仅仅是长白山，便是蜗皇宫也没有一丝消息邪泄露出来。
轩辕氏几次祷告天地均未收到回音，一时之间流言四起。
在看到轩辕氏未被册封为人皇之后，广成子、赤精子等人各回洞府修炼，不再踏足人族。反正传教的目的已经达到，人族的气运已经分润不少，留不留的已经无所谓了。而且广成子、赤精子等人敏感地察觉到有什么地方不对劲儿，人族还是少留为好。
一直没有等到册封仪式的轩辕氏改道求仙，两次上崆峒山问广成子求仙之法，史称轩辕氏问道广成子。
头一次广成子避之不见，第二次广成子告诉轩辕氏要追求自己的道，并让其在崆峒山静坐数月，以参禅感悟天地。后轩辕氏下山，将共主之位传给少昊，自己则于高阳闭关修道。
其后二十年，轩辕氏于高阳驾崩，临终之前留下遗言“绝地天通，罔有降格。”
轩辕氏灵魂归于地府，在踏上奈何桥之前，遇一绿衣女修。
“人族共主轩辕氏，今你劫数圆满，灵魂脱离，当入新躯，成就人皇果位。”奈何桥对面正立一尊泥塑，轩辕氏望之，竟是年轻时候的自己。随后绿衣女修将一道紫气打入轩辕氏的灵魂之中，其头顶落下无数玄黄功德金光。
顿时轩辕氏只觉脑内清明，一切思绪都清明起来。灵魂进入新的躯体，再次从奈何桥头走了回来。
这位绿衣女修正是白若，因为轩辕氏终究是凡胎，在其成为人族共主之时肉身已经衰老，不适合作为修道之体，这大概也是广成子拒绝其修道成仙的原因，盖因轩辕氏当时已经不能调动五气，是以只能加以搪塞。