还是复古，这回用上了唐代的散官制度进行参照，即唐朝散官从从一品的开府仪同三司开始直到从九品下的将仕郎，共有29等级，其中从一品的开府仪同三司即1等文官，将仕郎为29等文官
再有文官官制实职，初步设立为军机处乃是处理军政事务的中枢，军机处设置有首席执行官、首席运营官、首席财务官、首席人事官、首席参谋长；分别为陈衷纪、洪升、陈和彬、陈衷纪和甘辉。
军机处的职责权势一如明朝的内阁，协助督军处理东南府的军政事务，有票拟的权利，但无副署权。
在收到各部、各地的行政文书后，军机处进行初步处理，其建议写在一张纸上，贴在行政文书的上面，这叫做票拟。
之后督军用红字做批示，叫做批红。
因此军机处负责督军下达的命令及参预官员上报文书的处理，还有督军交议的大政，可进行重大案件的审理，官员的任免，财政支出，还有军务参预之权。
由于东南府督军长期在外，因此军机处代办军政事务，等督军回来，一一确认，所以军机处权柄重大。
但是，督军所下达的命令不能说是旨意，因为没造反，哪怕与军机处相左不同，亦可推行，亦即军机处无副署权。
副署权，如唐宋朝，皇帝与宰相共治天下，皇帝旨意如无宰相副署，则无实效，朝臣可以不认这个旨意，此乃皇帝自我约束，遂行兼听则明，但颜常武不会给自己找不自在，即臣下有不同意见，可以“保留意见”，但必须执行，
颜常武以东南府初创，岂可学明朝内阁、清流明朝的各部给事中有封驳权进行掣肘，且东南府创立是新鲜事务，遇到事务可以来“摸着石头过河”，又或者是“交学费”，反正颜大少还年轻，耗得起。
下设人事部吏部、战争部兵部、财政部户部、文教部礼部、政法部公检法和建设部工部共六个部，主官称为部长，还有一些独立的部门，如第一要紧的参谋部，有出兵权；还有首席技术官，是荷人巴伦支出任。
由于官员严重匮乏，人事部是陈衷纪管着，战争部是颜常武自管，财政部是陈和彬、文教部则是徐柏森和张小石合作两人都是海澄人，颜大少的同乡，秀才出身，做过简体字事务，政法部公检法则是张寅建设部还是陈衷纪兼管。
政法部的是张寅，乃闽省福州人，开台元老，乃初代颜思齐的兄弟，是最早支持颜常武的人之一，最初名声不显，去跑船为生，后被陈衷纪推荐从政，其性格刚毅，可坐政法部。
再设立部员，多是海军学院出身，或者军人退役充役。
实职亦有官品，如人事部长对应的是吏部尚书明制二品官，为表示谦恭，不是造反，人事部长为从二品，对应明朝的官制，同等的几乎都降一级使用。
再有军队，职称早就确定，即军衔制，是最高执行的官制。
其为士兵4级，为一等兵、二等兵、三等兵和列兵，新兵入营，只是列兵，之后按照训练的表现和作战表现，逐步升迁，往上的是士官三级，为上士、中士和下士，之上的就是军官了，有尉官四级，为上尉、中尉、少尉和准尉，其中准尉又分为5级，校官为上校、中校和少校，再有尊贵的将官，是四星上将、三星中将和二星少将，最后是一星准将，最尊贵的是元帅，是最高军衔。
实职则有海军提督、副提督，参谋部正副参谋长、分遣舰队司令，舰长、高级军官等。
巡航舰舰长军衔为少校，副舰长为上尉，高级军官为上尉和中尉，军校