在这样相对安定的大背景下，按照战功来衡量，似乎孙承宗有些碌碌无为。
然当时的兵部尚书王永光对孙承宗积极防御的一番作为作过很中肯的评价“兵家有云，善战者，无赫赫之功”
这也是王永光会推举孙承宗的原因。
两年下来，孙阁老和袁军门一直没有发动大战役的机会，而发动战略总反攻把后金赶出去的机会又不成熟。
但反过来说，孙阁老在无形中为朝廷省下了许多军费，确保了山海关安然无恙，使明朝有了更多的机会养精蓄锐，充分显示了天朝的不战之威。”首辅孔贞运评价道“公久历海上，凡地形险易，军储盈缩，将吏能否，虏情向背皆洞若烛照，故登莱终公袁可立之任销锋卧鼓。”
这也从另一方面肯定了孙承宗和袁可立积极防御之功。
令人惋惜的是，正当孙、袁二公积数年之力准备大有作为组织大反攻之时，阉党已全面掌控局势，逼迫袁可立和孙承宗先后去职。
孙承宗与袁可立是很好的搭档，从后来柳河之役的失败来看，袁可立的离任对孙承宗的军事行动有很大的影响和缺憾。
从后来的战争结果看，袁可立的实战能力更强，在登莱缺粮少援的弱势状态下，竟然能在数月内组合优势兵力纵横海上，战线绵延至上千里，调度两镇兵马多次奇兵突袭，以反间计策反后金女婿刘爱塔，连克金、复、盖三卫旅顺、红嘴、望海、永宁等堡多个战略要地，使后金数年间蜷缩一隅无以西窥。
袁可立的登莱战区竟然成为了明清战争史上唯一主动出击叫战的正面战场。
此时魏忠贤企图扩张权利，见到孙承宗功劳非常高，想要攀附，于是派刘应坤向孙承宗表明自己的意思。但孙承宗见到刘应坤之后与他一句话也不说，魏忠贤因此记恨孙承宗。
魏忠贤迫害朝中大臣，将杨涟、星、高攀龙等驱逐出京，孙承宗正在巡视蓟州一带，想到上反对奏书皇上未必会亲自阅览，于是以贺寿为由请求入朝面奏，借机弹劾魏忠贤。
魏广微听说后将这个消息告诉了魏忠贤，说孙承宗打算以清君侧为由杀掉魏忠贤，魏忠贤于是跑到皇帝朱由校床前，哭着求情，顾秉谦也说没有圣旨私自离开防守的地方，不合法度。
于是朱由校连夜召见兵部尚书，派三人骑快马阻止孙承宗。魏忠贤又假传圣旨给九门的宦官，若孙承宗到了齐化门，就将他绑了。
孙承宗到达通州后，接到朱由校的旨意，只好返回辽东，魏忠贤又让党羽李蕃、崔呈秀、徐大化上书诋毁孙承宗。
孙承宗于是请求罢官。
后来明熹宗朱由校驾崩，其弟明思宗朱由检即位，王在晋得以入朝为兵部尚书。
王在晋对孙承宗痛恨不已，坚持说马世龙和茅元仪迷惑中枢，败坏了边关事，又唆使谏官等交口诋毁孙承宗，来阻止他出来做官。
极力诋毁孙承宗以及马世龙，阻拦孙承宗的出仕。
孙承宗自辨，告诉户部说，他上任之后发现先前关上的士兵没有纪律，而且有大量的不符合条件的人冒领军饷，于是他裁剪军队六万七千人，为朝廷节省了六十八万两白银的开支。
崇祯上位正是缺钱的时候，因此并没有怪罪孙承宗。
反而王在晋因为过度抨击孙承宗，被削籍归乡。
“臣附议。”
“臣等附议。”
廷臣争相附议请召孙承宗。
崇祯乃诏承宗以原官兼兵部尚书，及召对，命承宗保护京师。