旨意中明确表示，皇帝之下分为内阁和军机。
内阁办公地点在紫禁城奉天殿东边的文华殿，军机办公地点在奉天殿西边的武英殿。
住在文华殿的永王和定王二人，搬出紫禁城，朱慈烺将抄家所得的魏国公府和保国公府，分别赐给定王和永王，作为王府。
内阁大臣管理全国政务，治理国家促进发展，掌管除军队和宗室外的一切国政事物。
内阁下属吏部、户部、礼部、工部、刑部、教化部、财政部税务部、海事部、鸿胪寺外交部、翰林院。
军机大臣管理军事，负责军事作战，开疆拓土。
军机控制全国的军队，掌军令，可以对军队发号施令，对武官选拔、考核、升降、赏罚。
军机下属兵部、情报部、后勤部、军器部、赞画部、军工研究院、皇明军校。
其中兵部是军屯部和五军都督府的集合体，新的五军都督府包括了军屯职责，总部以前叫大都督府，朱慈烺将其直接改为兵部。
军机与内阁的职权平等，凡军机要务，内阁无权过问。
二者一文一武，互不通气，分别向皇帝奏事，皇帝利用两者之间的异同，直接控制军权和政权。
遇到战事，皇帝召开御前会议，商量要不要打，打的话将要达到什么战略目的，然后军机去执行，下达作战命令。
内阁只负责调动各省的后勤支援，当然了，各地都督府也会在当地设立后勤战备仓储，随时应对战争，避免文官们后勤不继拖后腿，影响战况。
内阁大臣和军机大臣，皆由皇帝亲自任免，主要以政绩与军功为依据。
除了皇帝可以制约内阁与军机，朱慈烺又将都察院和军法部独立于内阁与军机外。
都察院监察文官，军法部监察武将，按章程办事，形成制衡，听命于皇帝。
朱慈烺本想将财政权也单独拿出来的，后来想想还是放弃了，财权要是拿出来，就是北宋的二府三司制了，容易造成冗官的现象，行政效率差。
为了保持行政效率，朱慈烺采用问责制，明确官员岗位职责，任务不重合，是谁的责任由谁来承担。
追究具体问题的具体过错，不问功劳苦劳，不搞将功抵过，形成真正的赏罚分明。
最后，在殿上，朱慈烺宣布了内阁大臣和军机大臣的名单。
吏部尚书，杨廷麟，内阁首辅，太师，侯爵，文华殿大学士。
户部尚书张国维，内阁次辅，伯爵，文华殿大学士。
礼部尚书朱继柞，内阁大臣，文华殿大学士。
工部尚书方孔照，内阁大臣，伯爵，文华殿大学士。
方孔照本是内阁次辅，因儿子方以智担任浙江巡抚，他避免方家权势过重，树大招风，因此甘愿让出位置，掌管个没什么影响力的工部
刑部尚书冯英，内阁大臣，文华殿大学士，兼任应天府府尹，掌天下刑狱。
教化部尚书李岩，内阁大臣，文华殿大学士，年轻遭人妒忌，未封爵，留用教化部。
财政部尚书程国祥，内阁大臣，伯爵，文华殿大学士。
海事部尚书沈廷扬，内阁大臣，文华殿大学士。
鸿胪寺卿外交部冒襄，内阁大臣，这是唯一一个不是文华殿大学士的内阁大臣。
若不是外交工作日益重要，以这位学渣的资历，再努力十年都入不了内阁
翰林院大学士杨士聪，内阁大臣，伯爵，文华殿大学士。
翰林院集中了知识分子中的精英，负责修书