不过官营贸易也有其机械化、僵化的弊端。明代朝贡贸易一开始缺乏限制，对于上门贩货者来者不拒，到永乐朝后期，因为进入市场的蕃货过多，导致蕃货贬值，就是很好的例子。
且由于宣德之后，明朝的政府控制力不断下降，已经难以有组织有规划地大规模进行官营贸易，所以明政府已经开始考虑放开私人海贸的口子。
到了明武宗在位的正德朝，便放开了对于东南亚海贸的限制。正德四年1509，一艘暹罗船遭风飘到广东境内，按规定这艘船属于非朝贡的私船，不准进行贸易，但广东镇巡官却准许其贸易，征收其货物税以作军需之用。
礼部官员对此做法予以肯定，认为“泛海客商及风泊番船”既非救书所招，又非旧例所载，不是朝贡船，不属市舶司的职权范围，应由镇巡及三司官兼管。
广东官员如此做法，明显是否定了“有贡舶即有互市，非入贡即不许其互市”的朝贡贸易原则，它标志着明初中国与东南亚贸易从此进入了私人海外贸易的新时期。
至于正德朝之后，仍然对西洋与日本进行海禁。
西洋人心怀叵测，难以揣度。
而日本当时处于战国时代，时局混乱，海盗海商往往混淆夹杂。
因此到了隆庆朝方才开月港彻底驰禁。
然而从明代的海贸来看，东南亚、南亚才是海贸收入的大头，西洋与日本是否驰禁，在当时并不重要。
古代的海贸，参与的商民可以分为三种，小商民，中等商民，有官方背景的巨商。
而在中国古代农业社会重农抑商的背景下，新产生的巨商也往往会寻求官方背景，他们有的被拒绝并遭到毁灭性的打击，比如嘉靖朝的汪直、徐海、麻叶、陈东等人，有的则因为为朝廷做出一定贡献或其他的原因而得到许可，比如郑芝龙，但得到官方最高许可是非常困难的，绝大部分的巨商寻求的是与地方官僚势力勾结，官商互利。
海瑞的养孙海述祖，其父海中适凭借海瑞侄女婿，历任贵州乡试、兵部副使、湖广巡抚、兵部左侍郎等职的高官梁云龙及其家族的庇护，就成为了海南的海贸巨富。
到了海述祖一代更上一层楼，富可敌国，海述祖曾经将38名上其大船的走私商人杀死在海上，夺取其货物资财，然后谎报说狂风败舟，幸凭擎天柱，遇救得免。
海述祖是否是走私，实际上颇有争议，觚剩续编称濒海贾客三十八人，赁其舟载货，互市海外诸国，以述祖主之，并没有说是走私。
海述祖出海一事，时人皆知，或许是得到官方许可并纳税之后的正常出海。
且海述祖出海的位置，似正是琼州。若是如此，则明代后期允许商民合法出海的位置，非止漳州月港一处。
明代的海禁政策，一直为无力买舟出海的小商民留下了足够的生存空间。
即便是海禁最严格的永乐朝，小商民也可以选择参与官营贸易。
到了正德朝开放异国与明朝的私人贸易，小商民更是可以在外国船上门交易时，与其进行贸易。
而这种贸易形式容易管理，在洋人为大清管理海关用火轮船打击走私之前，一直是唐宋元明清各朝贸易收入绝大部分的来源。
但是中等商民在明朝生活似乎不如在大清。
明朝限制商民出海，后来隆庆开海，亦不过开月港，每年发放船引88引，后来增加到110引。
当然，110引船引实际上不少。按乾隆十七年1752年三月一日阿里衮奏折说粤海一关，内河外海，口岸繁多，商舶番船，货物纷杂海关税银，全赖洋船出入，历年多寡不一