从此卫拉特部势力瓦解，也先余部迅速退出东蒙古地区，也失去了对喀喇沁部的统治权。
此时，北元太师孛来担任喀喇沁部新的领主，并率领喀喇沁部、阿速特部于1456年进人黄河河套地区。
期间翁牛特部首领毛里孩率部进入河套，毛里孩是成吉思汗同父异母弟别里古台后裔。
1470年，元室后裔孛罗忽巴延蒙克济农率鄂尔多斯部大批人马进入河套地区，他们与喀喇沁部成为河套地区的新主宰。与此同时，卫拉特部的癿加思兰也进入河套。
1480年，满都海哈屯辅佐年方7岁的巴图孟克即蒙古大汗位，号达延汗。
为了消除卫拉特部对汗廷的威胁，满都海哈屯携带年幼的达延汗并亲自率领大军征战卫拉特部，经过近30年的奋战，达延汗在满都海哈屯的辅佐下，终于在1510年再度控制了蒙古诸部，并将蒙古划分为左右翼六万户。
其中鄂尔多斯、土默特、永谢布为右翼三万户。
察哈尔、喀尔喀、兀良哈为左翼三万户。
为了加强对蒙古右翼的控制，在1510年，达延汗派遣自己的次子乌鲁斯博罗特前往右翼蒙古担任济农，并在鄂尔多斯八白宫前即了济农之位。
但是右翼永谢布领主亦不刺、鄂尔多斯部领主满都赉等为首的大封建主看到达延汗的统一事业，妨碍了他们手中的权力，右翼三万户起事叛乱。
1510年，达延汗亲自率兵讨伐右翼，经过“土尔根河战役”和“达兰特哩衮战役”，平定了以右翼永谢布领主亦卜剌为首的叛乱。
平定了右翼的叛乱以后，达延汗将右翼三万户分封给了自己的子孙。
他把右翼三万户统帅权交给三子巴尔斯博罗特掌管并封为济农，也就是副汗，令其坐镇鄂尔多斯万户。
后来，巴尔斯博罗特再次为其诸子分封领地时，其第四子巴雅思哈勒分得了右翼永谢布万户，掌管了喀喇沁、阿速特等鄂托克。
从此，巴雅思哈勒成了喀喇沁部的领主，喀喇沁部也成为黄金家族世袭领地和属民。
他的两个哥哥之一衮必里克济农分得了鄂尔多斯万户，阿勒坦汗分得了土默特万户。
据九边考记载，这时的喀喇沁部活动地域已经从鄂尔多斯地区迁出，驻牧于宣府张家口、独石口边外。
这一带已经深入到了兀良哈三卫的驻牧地域。
巴雅思哈勒成为喀喇沁部的领主并深入到兀良哈三卫驻牧地以后，兀良哈三卫开始和喀喇沁部发生了十分密切的关系。
在16世纪40年代初期，兀良哈三卫中的朵颜卫在其领主恩克兄弟9人的率领下，举部携带成吉思汗母亲诃额伦祭祀宫帐归附了成吉思汗黄金家族。
阿勒坦汗将恩克兄弟5人所部赐予其弟巴雅思哈勒昆都仑汗，成为喀喇沁部兀良哈人的来源，将恩克弟弟4人所部收为己有成为阿勒巴图，属民，由阿勒坦汗长子辛爱黄台吉统领，他们进而成为后来的东土默特部的兀良哈人。
以恩克为首的一部分朵颜兀良哈人归附喀喇沁部后，奉喀喇沁部首领巴雅思哈勒及其后裔为自己的领主。
17世纪初叶，林丹汗即蒙古大汗位。
当时大明王朝的北部处于十分复杂的政治格局。
在东北，建州女真已经逐步崛起，使女真族从蒙古的附庸逐步变成蒙古的强大政治、军事对手并建立了后金国。
蒙古各部却处于各自为政的封建割据状态，大汗权势衰微差不多快沦落到察哈尔一家的汗王。
明朝控制着辽东地区，在这