这既符合魏忠贤株连东林党人的企图，又发泄其对熊廷弼之私恨。
魏忠贤对冯铨非常器重，便向明熹宗讲述甘罗十二岁拜相之故事，以堵住别人的嘴，免得别人说冯铨过于年轻，不够资格入阁，授冯铨官职。
于是擢冯铨入阁，任礼部右侍郎兼东阁大学士，后又升礼部尚书兼文渊阁大学士。
短短一年中，年方三十的冯铨即升为朝廷辅臣，成为阉党中炙手可热的人物，被称为“黑头爰立”、“黑头相公”。
在原本的历史中。
顺治元年五月，清军入关，清朝摄政王多尔衮以书信召冯铨入朝，他接到书信就马上赶到。
多尔衮赐以朝服衣帽及鞍马、银币，命他仍以原衔，进入内三院佐理机务。事隔半月，冯铨等率文武群臣于武英殿向多尔衮上表称贺。他同其他汉官一样，揣测执政者的心意，来迎合多尔衮。
顺治二年六月三日，多尔衮命抚按查明并赡养明代诸王的遗腹子，冯铨等赶忙叩头谢恩，多尔衮说他们不忘旧主，冯铨答曰“一心可以效忠两位君主，但是对一位君主不能二心啊”
以明其仕清忠心不二。同年闰六月十二日，冯铨回奏多尔衮论明末党争时说“诸位大臣的所作所为都瞒不过王爷您啊”
多尔衮对此深表满意。这一年，授冯铨内翰林弘文院大学士。
七月，他遭到御史吴达弹劾，引发一场政斗风波。
顺治六年，加少傅兼太子太傅。
顺治七年十二月，多尔衮死后，清初统治阶级内部的政治气候突变。顺治帝亲政后，满洲贵族的反多尔衮势力执掌朝政。
顺治八年二月，清朝开始审定中央各部汉官，有的被严加惩处，有的则继续供职。这次“甄别”中，第一个被顺治帝点到者就是冯铨。顺治帝列举其被吴达等疏参之罪及其七年内之所为，严斥他“殊失大臣之体”，“著令致仕”。
顺治十年三月二十一日，顺治帝以“冯铨原无显过，且博洽故典，谙练政事，朕方求贤图治，特命起用，以观自新“为由，下谕命吏部通知冯铨迅速赴京。三月二十七日，顺治帝亲临内院召见冯铨，对他很表关切之意。当天傍晚，冯铨等大学士奉召入宫，谈到翰林官贤否时，顺治帝认为只要他亲加考核，文之优劣毕见，即可定其高下。当时陈名夏也在场，而冯铨却别有心计奏曰“皇上简拔任用贤才之人，不应该仅仅去看他的文章。南人汉官大多文章写的好但是做事不行，满人文章写的不行但是做事效率高。如今科举考试也不能只看文章好就录用了，文章行事都好，才可以任用。”
贬抑南人汉官，正是冯铨真意。而此前被劾之陈名夏、陈之遴均隶籍江浙。顺治帝当即表示赞成冯铨的意见。翌日，冯铨官复原职，任弘文院大学士。这说明冯铨于罢职期间清楚朝廷内部情况。此后，南人汉官屡遭打击，多与冯铨有关。
顺治十二年，加少师兼太子太师。冯铨与大学士洪承畴曾疏请恢复明朝票拟旧制，又与大学士谢升等议定郊社、宗庙乐章。他屡次受诸言官弹劾，期间曾罢官，后复出。
顺治十三年，冯铨以年老加太保致仕，但仍留在清廷以备顾问，其后经奏请皇帝批准回到原籍。
顺治十六年，改内三院为内阁，清廷命其以原衔兼中和殿大学士。
康熙十一年十一月初二日，冯铨卒于家中，享年七十八岁。
康熙十二年正月，赐谥文敏。乾隆朝将其列入贰臣传乙编，并追夺其谥。
冯铨少年得志，入仕翰林，而且容貌俊美，与缪昌期为首的很