加上，内阁能否重用或者增减阁臣，取决于皇帝的个人意愿。
永乐时，阁臣是特简，虽然后期的廷推影响了皇帝的独裁，但是阁臣得不到皇帝的满意，仍旧会被打回。
张居正主政期间，几乎是独操太阿，死了之后，内阁的权利立即下滑，可见此制度间接加强了君主，君权无法节制。
大明的内阁还避免了独裁之臣出现的几率，这点上面，张居正是例外。
严格来说，张居正是个统筹者的角色，中朝和监护人皇太后履行着年幼的帝国君主的部分职权，所以内阁在此时权利很大。
皇帝成年以后，具有了单独决断庞大帝国行政事务时，就此一时彼一时了。
明代的内阁制度的缺点也很明显，助长了君主的内阁制度随君权的高度强化而建立，权力的来源，由君主所授予，对君权根本就无节制的作用，事无大小，内阁都要秉承皇帝的旨意行事，遂成为皇帝加强独裁的工具，使明代的君主比历代为甚，助长了君主。
形成了明代宦官的专权明代内阁因为欠缺法定的地位和权力，只是政务的补助机关，透过票拟、条旨来辅政，但大学士的票拟最后决定于皇帝的朱批，而明制以司礼监秉笔太监掌章奏文书。
宣宗时，大臣章奏除由皇帝亲批数本外，皆由秉笔太监照内阁大学士之票拟批红。
宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，朱批便由秉笔太监处理，从此宦官透过司礼监的职务得以正式与外廷往来，宰辅之权便为内臣所侵夺，司礼监有太上内阁之称，造成了明代宦官的专横。
首辅有持相权而名不正的弊端内阁仅属秘书机关，无宰相之名，也无宰相之位，更无宰相之责，但皇帝信任时，又确有宰相之权利。
明代内阁成立后不久，事实的演变，产生首辅，权利堪比中国古代宰相。
但此不过内阁中相沿的惯例，并非律定，故不为外廷所承认。
明史纪事本末说“严嵩无宰相之名，而有宰相之权；有宰相之权，而无宰相之责。”正是说出了内阁制度的弊端。
内阁有相权而无宰相之责，出错时便诿过他人，无宰相之名位而有宰相之权，则朝臣不能信服。
张居正任首辅，仍须与中官冯保结合才能执掌大权，方能施展抱负，就是很明显的例子。
明代宦官之祸严重，内阁制度之名不正，有着密切的关系。
逐渐演变成朋党的倾轧的摇篮内阁行使相权实在名不正言不顺，容易造成内阁与外廷官僚的磨擦。
所以，魏忠贤有事没事，遇到事情就爱推诿，推到内阁和出事的衙门之间，让内阁和衙门自己协商解决，根本不让事情捅到司礼监这一层面来，这才是最厉害的，会弄的出事衙门和内阁都没辙。
“魏公公，我们现在就写本子弹劾韦宝，陛下什么时候能批复你们司礼监什么时候能批复、”杨涟问道“不上朝，奏本总不能不批吧”
“这咱家可不能给你准信你的口气这么大，好像整个大明都是你在当家啊那你就多催促内阁吧”魏忠贤笑道。
“这事内阁如何管朱大人只是次辅，没有顾秉谦的同意，能撤换韦宝吗而且韦宝是陛下才刚刚御赐的官员，就是顾秉谦出面，也不见得行得通。”杨涟怒火攻心道。
“对，我现在就下令暂停韦宝对都察院和大理寺的考选他没有经过任何人的同意，我们内阁更是听都没有听说过这桩事，谁同意他考选了他更有什么权力随意提拔任命官员更何况那郭文亮听说只有一个秀才的功名，一个秀才就想当堂堂都察院的御史，简直是荒唐都察院御史，至少要在地方为官多年