尽管光海君没有处置李尔瞻，但也表现出对他的厌恶。
大北派由此开始式微，西人等反对派获得释放并重新起用，为“仁祖反正”创造了条件。
深河之战的全军覆没对于尚未摆脱壬辰倭乱后遗症的朝鲜来说是相当大的打击，其影响波及朝鲜八道，其中以平安道尤甚，各郡县都有数百名战死或被俘于深河的壮丁，田野荒芜，徭役也更加繁重。
朝鲜农民因征兵、饥饿而纷纷破产，落草为寇，在汉城和两湖地区全罗道、忠清道尤为严重。
然而就在百姓疲敝之际，光海君并未致力于改善民生，而是大兴土木，营建宫阙，设分户曹和调度使，到各道搜刮民脂民膏。
这些官员很多都出身庶孽或贱民，他们往往“横行列邑，凌蔑守宰”“浚剥黎民，凌辱士族”，使光海君更加丧失人心。
光海君在位的最后一年是非常孤立而缺乏安全感的，不仅是北方后金问题带来的巨大压力，国内情况也不容他乐观。当时“西人切齿，南人含怨，小北非笑”，执政的大北派也与光海君渐生矛盾。
官员们故意抵触他的命令，光海君要他们办事到了近乎哀乞的地步，就连御医也不被信任了。
光海君自己诊断患上火病，可见他的身心已经是极度痛苦。从万历四十六年1618到天启三年1623，光海君先后更换了十一次训练大将相当于首都卫戍司令。他还爱在宫中玩捉迷藏，没被捉住就高兴，被捉住就不高兴，众叛亲离的他已经预感到灭顶之灾即将来临。
天启三年1623春，光海君的侄子、定远君之子绫阳君李倧与西人为主的金瑬、李贵、申景禛、李曙、金自点、沈器远、崔鸣吉、李适等人合谋，纠集1000多人准备推翻光海君及大北派政权。政变前夜，有个叫李而攽的知情人告密，光海君正在与后宫游宴，竟忽略了此事；领议政朴承宗则认为训练大将李兴立是他的亲家，值得信赖，而乱军不过是乌合之众，也不在意。
三月十二日深夜，这场被称为“仁祖反正”的政变爆发，由于李兴立已成为政变的内应，所以他按兵不动，政变军顺利入宫，四处放火。
光海君听到动静后，对心腹宦官说“如果是易姓革命的话就会先烧宗庙，如果只是废立的话那宗庙就无事，你去登高看看。”宦官误看成宗庙被烧，回来报告光海君，光海君长叹道“李家宗庙到我这代就灭亡了啊”于是仓皇从昌德宫后苑翻墙逃走。
他在一名宦官的背负下，逃到亲信医官安国信家，穿上安家的丧服准备逃到别处，被另一医官郑柟寿告发，随即被捕，安置都总府值房。世子李祬也差不多同时被捕。
光海君父子被李倧带到庆运宫西宫面见仁穆大妃，仁穆大妃要求将光海君父子处死，被群臣劝阻。
其后，李倧以仁穆大妃名义颁布教书，谴责光海君废母杀弟、大兴土木和背叛明朝等罪行，废黜王位，并命李倧继位，是为仁祖。
仁祖反正后，李尔瞻、郑仁弘、韩缵男、朴鼎吉、李伟卿、柳希奋等数十名光海君的重臣先后落网并被处决，朴承宗、朴自兴父子自杀，还有大批人被流放。
光海君、废妃柳氏夫妇及王世子李祬、世子嫔朴氏夫妇均被围篱安置于江华岛，分处岛内不同地方。
仁祖还让任昭媛陪伴光海君。
天启三年1623三月二十一日，光海君被汉城府判尹李适押往江华岛，一路上面色凄惨，目睹这一情景的人无不为之动容。
两个月后，李祬欲挖地洞逃走未遂，后被赐死