李珲是朝鲜宣祖李昖的次子，生母是恭嫔金氏。
恭嫔金氏在生下李珲两年后即去世，李珲与年长自己两岁的胞兄李珒由嫡母懿仁王后朴氏抚养长大。后来两兄弟分别被封为光海君和临海君。
当时，宣祖正宫懿仁王后一直不曾生育子女，在诸庶子中，长子临海君、第五子定远君以及第六子顺和君都是劣迹斑斑，其中尤以临海君声名最为狼藉，他不学无术，却放纵家奴杀人越货、欺男霸女；而光海君李珲则与他们迥然不同，他品行端正、聪明好学，作风俭朴，颇得人心。
尽管如此，宣祖最宠爱的是仁嫔金氏所生之子信城君李珝。
在这种情况下，世子之位一直空悬，许多大臣请求立储，宣祖都予以拒绝，甚至在万历十九年将请求早建国本的右议政郑澈逮捕下狱，并扬言“今吾犹在，汝请建储，欲何为乎”由此引发了朝鲜政坛的一次地震。
宣祖之所以迟迟不立储，除了考虑到嫡子诞生的情况，还想为爱子信城君预留位置，而以贤能闻名的光海君则并无太大希望被立为世子。
万历二十年1592爆发的壬辰倭乱改变了光海君的命运。
日本侵略军于四月十二日登陆朝鲜半岛，一路势如破竹，直逼首都汉城。
朝野舆论强烈要求宣祖选定接班人以备不测，懿仁王后也劝宣祖早日立光海君，宣祖在此千钧一发的时刻也无暇多顾，于四月二十八日宣布立光海君李珲为王世子，四月二十九日匆忙举行百官朝贺仪式，四月三十日凌晨便与光海君及百官一起北逃。
宣祖一行人在逃难途中撰写了立储教书，直到五月初八逃到平壤，宣祖才正式公布了这一教书。
壬辰倭乱爆发后，朝鲜军兵败如山倒，眼看八道全部沦陷在即，宣祖心虚胆怯，欲渡鸭绿江逃往辽东，表示宁愿死在天朝上国也不愿成为倭人的刀下亡魂。
但“内附”只得都承旨李恒福一人支持，大多数官员如领议政柳成龙、左议政崔兴元、右议政尹斗寿等皆反对宣祖的提议。
经过商议，于万历二十年1592六月决定将朝廷一分为二分朝，一部分人随宣祖渡江，其他人则在光海君的领带下奉宗庙社稷的神主驻守朝鲜。
十八岁的光海君李珲受命“权摄国事”，设立分备边司，赴前线平安道、咸镜道、江原道等地抚军，一路风餐露宿，备尝艰苦。
李珲收集流散的军队和义兵，号召通国勤王，以图恢复。他的举措振奋了朝鲜民心军心，对全国团结一致抗击倭寇起到很大作用，让那些认为亡国的百姓重新拾起希望。
随着明朝大军的介入，战局大为改观，万历二十一年1593正月，宣祖从鸭绿江畔的义州南下，与光海君会合于定州；二月，宣祖前往嘉山，光海君仍留在定州供奉庙社神主。
四月，日军撤离汉城，十一月，宣祖与光海君还都汉城。
光海君权摄国事告一段落，分备边司改称抚军司，他又南下三南地区，负责协助明军、安抚民众，万历二十二年1594八月完成任务，回到汉城。
明神宗在万历二十三年1595封光海君为庆、全军务总督，并表彰他对抗倭作出的重大贡献。
此后光海君坐镇汉城，遥控前线，到万历二十六年1598终于驱逐所有日军，光复朝鲜全境。
然而，分朝却使得宣祖和光海君的关系发生微妙变化。
分朝是一种二元体制，即光海君领导着形式上与宣祖对等的朝廷，因此直接侵害了宣祖的王权。
事实上光海君并无便宜行事之权，事事都要报告宣祖所在行朝，