不仅李倧一家战战兢兢，光海君与大北派的政治肃清令各方势力，尤其是西人惴惴不安，而光海君的乱政及外交上拒绝援助明朝、秘密传书后金的行为导致众叛亲离，在这种情况下，武人李曙及申景禛李倧表舅决定发动政变，推翻光海君，时为万历四十八年1620年。
除了李倧及其舅舅具宏、表兄具仁垕外，他们还陆续拉拢了金瑬、崔鸣吉、张维、李贵父子等失意文臣及儒生沈器远、金自点等，势力在暗中不断壮大。
在此期间，政变势力内部曾产生推戴谁的争论，有人主张拥立朝鲜成宗的次子桂城君李恂的曾孙怀恩君李德仁，但因为政变的主导势力申景禛、具宏、具仁垕等都是李倧的近亲，所以最后还是李倧被选定为政变成功后接替光海君的人选。
天启三年1623年三月十二日夜二更，政变计划正式启动，金瑬、李曙等已率从长湍等地带来的1000多名军队集合在汉城西郊弘济院，李倧也率领亲兵至延曙驿与其会师，接着在三更时攻入彰义门汉城西北门，由于负责汉城卫戍的训练大将李兴立在政变前已被收买，按兵不动，因此政变军顺利攻入昌德宫，并在宫中纵火。
李倧在仁政殿阶上坐着胡床，指挥接下来的行动。他先命金自点、李时昉李贵之子去庆运宫向被幽禁在那里的仁穆大妃启禀“反正”之意，接着又派李贵、李德泂等具仪仗奉迎仁穆大妃，大妃不肯出来。
此时出逃宫外的光海君父子被逮捕，李倧骑马带着被关在轿子里的光海君去庆运宫谒见大妃，在大妃面前伏地痛哭，表示自己有罪，大妃予以安慰，并命令将御宝传给李倧，李倧遂于三月十三日夜即位于庆运宫别堂。
次日先以仁穆大妃名义发表教书，废黜光海君，立李倧为王，然后李倧在庆运宫接受百官朝贺，颁布即位教书，大赦境内，是为朝鲜仁祖，这场政变也就被称为“仁祖反正”。
一般靠着这种军事政变上来大位的人，韦宝都觉得是很有本事的。
李倧的确有些本事，只是在这一类人当中，显得比较弱。
不过，也跟积贫积弱的朝鲜大环境有关。
人口才三四百万，连年闹饥荒，朝廷内部还党派纷争频繁，民不聊生，换上特别有作为有本事的君主，也得很费一番心思才有可能慢慢扭转，更不用说李倧这种比较一般水平的君主了。
李倧继位后，处决了李尔瞻、郑仁弘等一大批大北派官僚及金介屎等光海君的宠姬宠臣，为临海君、金悌男仁穆大妃之父等政治牺牲品恢复名誉，并起用在光海君时期失势的李元翼、郑经世、李睟光等南人及徐渻、吴允谦等西人。
接着就是对反正功臣的论功行赏，在天启三年1623年闰十月十八日策勋三等共53人，金瑬、李贵、金自点、沈器远、申景禛、李曙、崔鸣吉、李兴立、具宏、沈命世10人为一等，李适等15人为二等，朴惟明等28人为三等。
对于这种结果，并非皆大欢喜，怨气最大的是李适。
李适也是韦总裁和林文彪的统计署重点关注的对象。
统计署朝鲜站肯定没有大明本土的辽东站辽西站，山海关站和北直隶站，京城站这么有实力，但是窃取情报，掌握社会上下动态的职能是差不多了的。
李适是反正军的重要领导，但在“反正”后仅被任命为汉城府判尹，与其形成对照的训练大将李兴立，他只是被临时收买为内应，在“反正”时按兵不动，却被特授为工曹判书。
等录勋结果出来时，李兴立名列一等功臣，李适屈居二等功臣，李适内心自然更加不平。
不久后，前教授文晦等告发李