1899年万历二十七年，额亦都随努尔哈赤平定哈达部。1607年万历三十五年，额亦都随贝勒巴雅喇征讨东海女真渥集部，夺取席黑、俄漠和苏鲁、佛讷赫拖克索等三路，不久又随军灭亡辉发部。
1610年万历三十八年，额亦都奉命安抚渥集部的那木都鲁、绥分、宁古塔、尼玛察四路，招降康古礼等十九人，不久又趁胜夺取雅揽路。1611年万历三十九年，额亦都与何和礼、扈尔汉征伐渥集部虎尔哈路，攻克札库塔城。1613年万历四十一年，额亦都随平乌达部。
1615年万历四十三年，努尔哈赤创建八旗，额亦都隶属于镶黄旗。1616年后金天命元年，努尔哈赤自称汗王，建立后金，任命额亦都、费英东、何和礼、扈尔汉、安费扬古为五大臣，参与国政。
1617年天命二年，额亦都与安费扬古攻打明朝，夺取马根单、花豹冲、三岔儿等堡垒。1619年天命四年，明朝辽东经略杨镐分兵进犯后金，代善等四大贝勒率军抵御，兵至太兰冈。
当时，代善认为汗王尚未赶到，要求先驻军等候。四贝勒皇太极道“界藩城今辽宁新宾西北有我们筑城的役丁，我们应该保护他们。为什么要驻扎在这里呢而且还示敌以弱。”额亦都表示赞同。
后金军于是继续进兵，抵达界藩城。筑城役丁纷纷参战，努尔哈赤也率军赶到，与额亦都等人前后夹击，大败明军杜松部。不久，额亦都作为前锋，先后在尚间崖、阿布达里冈击败明军马林部、刘綎部。
额亦都屡随努尔哈赤征战，未尝败绩，每次受到封赏，都分给有功将士，从不独占。
努尔哈赤对他非常优厚，先后将自己的妹妹、女儿嫁给他。
后来，努尔哈赤封额亦都为左翼总兵官、一等大臣，还将他的部属分为三个世管牛录，安置在镶黄旗、正白旗之下。1621年天命六年，额亦都在沈阳病逝，终年六十。
额亦都是个非常勇悍的人，他的次子达启，自幼勇武，深受努尔哈赤喜爱。但是达启恃宠而骄，无礼于诸皇子，额亦都非常担忧。
后来，额亦都将儿子们聚集在一起，命人绑缚达启，抽出刀来，对儿子们道“天下怎么会有父亲杀死儿子，只是这个儿子傲慢无礼，如今若不管制，以后一定会有负国家、败坏门户。”将达启拉入室内，用被子将他闷死，然后向努尔哈赤请罪。
努尔哈赤嗟叹道“额亦都为国深思熟虑，实在是无人能及。”
可见额亦都对努尔哈赤的忠诚已经到了匪夷所思的地步，居然可以亲手捂死自己的亲身儿子。
纳海将军和彻尔格同为努尔哈赤的五大臣的儿子，自幼相识，所以关系不错，因此彻尔格才称二人为好友。
“抓了这么多人你们打算都杀了然后全部换成辽民防守羊倌堡”彻尔格简直有些不敢相信纳海对自己说的话，疑惑的看向众人。
杀个几十人，甚至二三百人，彻尔格都不会见怪，毕竟死了十几名大汗的亲卫，不杀一些人陪葬的话，大汗那边不好交代，大汗的气也难销。
可一次性杀几千人，这可不是闹着玩的。
“你们都是这等看法”彻尔格问道。
“我觉得不用杀那么多人，杀个嫌疑较大的五六百人，已经能起到绝对的震慑作用。”纳海将军道。
“纳海将军，关键是要找出真凶，奸细们，光靠吓唬是吓唬不了的，人家要是害怕，也不敢混