杨畏知上朝痛哭自劾，言语中多有职责孙可望，遂被永历留为东阁大学士，与吴贞毓共同辅政，可望闻之大怒，派人召杨畏知至贵阳，当面责难，讥讽杨畏知忘恩负义，杨畏知忍无可忍，脱下头上冠击可望，遂被杀。
锦衣卫指挥使马吉翔是个奸佞之人，因在皇帝仓皇南逃途中十分殷勤谄媚，并献出四千两银子资助困顿贫苦的皇帝劳军抚众，深得永历帝以及太后欢心，以为这是个忠勤之人，赐他为永安侯，并以区区锦衣卫指挥使身份入内阁，执掌丝纶房，专可票拟，其宠信程度即便是有拥立之功的大学士瞿式耜都比不上。
一朝得势的马吉翔暗中结交大宦官庞天寿，两人沆瀣一气把持朝政，权倾朝野，并暗自投靠孙可望。
当时孙可望派出的部将是总兵曹延生、胡正国，庞天寿矫旨强行命令曹延生、胡正国与马吉翔结拜为兄弟，结拜后马吉翔对曹延生说“秦王功德兼隆，天命已归，我意欲令主上行授禅事，你能替我办到吗”曹延生、胡正国虽是武将，性实忠义，闻言愕然道“此国家大事，您怎么能随便说呢况且我等只是军官，只懂军事，其它不敢闻命。”
而曹延生、胡正国一向与大学士吴贞毓关系很好，把马吉翔的话都告诉了他，并且说道“您是朝中重臣，安危系焉，宜劝皇上驻在广西境内，系属人心，号召远近，以阻奸谋。”
马吉翔得知后，暗中报告给孙可望，孙可望知道后暗恨吴贞毓，于是不肯出兵广西勤王。
此次得报清军两路夹击，满朝上下一片张惶，于是永历不得不答应赐封孙可望为秦王，同时赐封远在昆明练兵的李定国为西宁王，刘文秀为抚南王，希望孙可望以社稷为重，出兵抗敌，保卫行都。
孙可望遣部将郑国率兵至南宁，却只字不提保卫行都，反而一味趁机威逼迁都安龙。
郑国刚到南宁，焦琏与李元胤的捷报便先后传到，简直是喜从天降，开初满朝上下都不敢相信，经过几天的探听，永历君臣才解除了疑虑，顿时一片欢腾，于是朝中众臣纷纷上表阻止迁都，重新收拾已经打点好的逃难行装，准备重整河山了。
给事中徐极、员外郎林青阳、蔡绸、主事胡士瑞、张镌等人趁机联名具疏弹劾庞天寿与马吉翔外结藩镇，内弄权柄，媚及宫禁，欺妄朝廷。
永历对加封孙可望等为王之事正后悔不已，本就对极力怂恿的马吉翔心生不满，知道实情后对二人弄权再也无法容忍，准备追究了。
庞、马二人一方面求太后说情，一方面贿赂郑国以“盗宝矫诏、欺群害良”拟罪，派兵压阵火速擒拿了十八人下狱，欲斩吴贞毓以下十八朝臣。
瞿式耜、张同敞赶到南宁的时候，朝廷上下就处于这种风雨飘摇，无君无臣的纷乱怪相之中
瞿式耜的突然归来，虽令永历帝大为振奋，然手中无兵的皇帝已然无力挽回局面，只有谕请瞿式耜速约林啸义军前来解救困局。
林啸与何守信通完话，思忖片刻后，立即召集李元胤和众兄弟商议此事。
鉴于孔有德清军主力已除，北上战事压力不大，决定由祝俞嘉、段正宏、张晨枫等人带领本部继续北上，相机收复柳州、桂林及周边州县；丁帅的一营则随林啸回师南宁。
由于缴获大批战马，林啸把全军将士全部改编为机动骑兵，部分不会骑马的暂时编入各营辎重连跟大车一起走，边行军边学习骑术。
李元胤禁军则一分为二，原步军主力全部配备战马改为骑兵由祝俞嘉代领助攻并作为各地守备部队，李元胤自带一千骑兵回师南宁禁卫朝廷。