当蚂蚁们钻开芽眼，将之作为核桃船唯一的出入口之后，这样一个漂浮状态，就会导致出入口距离水面太近，稍微有点风浪，就会让船只进水，这对船只和里面的船员来说是致命的。
蚂蚁们没有什么有效的排水手段，一旦积水过多，船只自重大于浮力，核桃船就会沉没。而积水本身也会对不喜欢水的蚂蚁造成威胁，一滴水珠都可能要了蚂蚁的命蚂蚁们一旦呗水珠困住，就很难摆脱水膜的表面张力。
在平静水湾里的试航行中，就暴露了这个容易进水的隐患，好在水湾比较平静，附近又有大量蚂蚁照应，试验船上才没出现什么损失。
想要避免进水，就要让出入口远离水面。人类世界的船只，无论是帆船还是后来的蒸汽动力船，通往船舱的通道都是开在甲板上冲向天空的。
主角也想借鉴这个设计，不过这就需要改变核桃在水中的重心，才能让核桃在水中“倒立”起来。
办法倒也简单，在核桃内部核桃尖儿的位置，放置并固定一些压舱石，就能让核桃在水中保持“倒立”的芽眼冲天的姿态。而且压舱石也能在一定程度上保证核桃船的姿态稳定。
在试装了一些压舱石并用蚁胶固定在船内后，蚂蚁们还按照主角要求，在核桃船朝上的出入口上方，用木材等搭建了一个斗笠状的小防雨棚，遮蔽住出入口，这样即便有小雨船舱内也不会进水。
万一出现一些进水，那就只能靠蚂蚁们用大颚将水分割成小水珠，再搬运到船外丢弃，这是非常简陋低效的排水方式。
这艘改造后的核桃船的再次试航中又暴露了新的问题。核桃船在水中由“卧姿”改为了“立姿”，虽然避免了进水问题，但船只重心的姿态的改变，导致现在的船只非常不稳定，有些较大的风就会剧烈摇摆。
毕竟，这些核桃都天然长成了长椭圆形，“卧姿”状态下相对稳定，就算摇摆也是顺着核桃尖儿和芽眼的轴线翻滚，不容易倾覆。但在“立姿”状态下，轴线与水平面垂直，在外力作用下，核桃船就容易剧烈摇摆起来，这对于航行安全也是个隐患。
主角带着科研组研究的应对办法就是给核桃船加上平衡木。
这种设计类似人类古代独木舟的单边架设计。最原始的独木舟是单体式独木舟，即一艘独木舟不添加其他结构部件，但是，使用单体式独木舟航海，抗风浪能力差，较易侧翻倾覆。
而单边架式独木舟，就是在独木舟的一侧，增加了一根同向浮材，并通过横杆与独木舟连接，单边架独木舟稳定性非常好，行驶平稳，在风浪中横摇幅度很小，具有很好的抗风浪、抗横摇侧翻的能力，可用于长距离航海。
古代波利尼西亚人甚至用这种独木舟几乎征服了太平洋，殖民到各个距离甚远的岛屿上。
核桃船的边架就是一根大约有人类世界铅笔粗的木棍，被通过更细的约莫牙签直径的木棍，用纤维捆绑和蚁胶固定在了核桃船一侧。
经过改造后，现在的核桃船也基本克服了侧翻和摇摆问题。
接下来，就要让核桃船具备真正的航行能力了。
之前在水湾中的试航，都不是严格意义上的试航，因为这艘粗糙、简陋、原始的核桃船根本不具备自主航行能力。
所谓试航，是岸边的蚂蚁拖着长长的连接到核桃船上的植物纤维和蚁丝编织的绳索，以拉纤的方式拖动核桃船在水面上慢悠悠的移动。