而埃尔科莱一世以此为辱，重建城邦, 很快就使得费拉拉恢复了经济发展，与此同时，他赞助各类音乐、艺术活动，艺术家们都乐于在此进行交流，逐渐形成了费拉拉画派, 而费拉拉也在美第奇家族统治的佛罗伦萨之后, 成为了又一个艺术中心。
埃尔科莱一世过世之后，他的儿子阿方索一世继承了费拉拉公爵的爵位，而卢克蕾西亚波吉亚, 也成为了费拉拉公爵夫人。
阿方索一世是卢克蕾西亚的第三任丈夫, 她的前两次婚姻，都结束得并不是那么愉快。
第一任丈夫佩萨罗伯爵乔瓦尼斯福尔扎, 米兰公国摄政卢多维科斯福尔扎以及红衣主教阿斯卡尼奥斯福尔扎的堂亲。她的父亲罗德里戈波吉亚为了登上教皇之位，贿赂了阿斯卡尼奥, 从而达成了联盟, 而最具诚意的结盟, 便是联姻。
她十二岁时嫁给了佩萨罗伯爵, 然而当时的她对情爱并无半点认知，举行了婚礼之后，在教皇的安排之下，并未随丈夫去往领地佩萨罗，而是仍与姑妈阿德里亚娜以及父亲的情妇茱莉亚住在一起。
佩萨罗伯爵恨透了波吉亚家族，试图挑动米兰公国反对教皇，而此时的教皇需要一个更为强大的结盟，于是他强迫佩萨罗伯爵公然承认自己性无能，从而迫使婚约无效，受此屈辱的佩萨罗伯爵及其堂兄红衣主教阿斯卡尼奥斯福尔扎便到处宣扬卢克蕾西亚与她的父亲罗德里戈和兄长切萨雷乱伦，这也是她一生污名的开始。
在外界闹翻天的时候，卢克蕾西亚被父亲送到了罗马的圣西斯托修道院，过了一段相对平静的日子，也是这段时间，是她开始习惯了修道院中缓慢而安逸的生活，嫁到费拉拉之后便时不时会到当地的贝尔纳迪诺修道院小住一段时间。
在这里，她不是臭名昭著的卢克蕾西亚波吉亚，也不是深受费拉拉人民欢迎的公爵夫人，而仅仅只是一个虔诚的信徒。而这个位于费拉拉城外的安静的修道院中，这里还有一个她的亲人，兄长切萨雷的私生女，与她同名的侄女，她亲切地称呼其为小卢。
她的那些兄弟姐妹中，长姐乔娅于十五岁那年的春天因为坠马事故落入台伯河，从此音讯全无；哥哥胡安在教皇即位之后没过几年就死于一场可疑的谋杀，；而胡安过世五年之后，教皇亚历山大六世离奇病故，切萨雷扶持的新教皇庇护三世在位仅二十七天之后就过世，随即波吉亚家族的政敌罗韦雷登上教皇之位，波吉亚家族彻底失去了对于教廷的控制权，而切萨雷波吉亚在最终在几年之后，战死在维安纳城堡。
切萨雷死后，波吉亚家族的成员几乎全部被赶出了梵蒂冈，连卢克蕾西亚最小的弟弟杰弗里也只能龟缩于自己的领地之中。
而好在当时卢克蕾西亚已经远嫁费拉拉许多年，积攒了一定的人脉与声望，在她第三任丈夫费拉拉公爵阿方索一世的支持下，救助了许多波吉亚家族的成员，其中便有兄长的私生女小卢。
在她想家的时候，她就会来到修道院，看着小卢那张标准的波吉亚成员面孔，她就能稍微感到平静一些。
于是在这一年的夏天，她产下一名女婴之后感染了严重的疾病，在费拉拉最好的医者都束手无策的情况下，她温柔地对守在自己床边的丈夫说，可不可以让她在贝尔纳迪诺修道院度过最后的一段时光。
阿方索一世知道她想家了，便点了点头，吩咐侍从们去安排，最后握着她的手，说“我会每天来看你的。”